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水稻一次枝梗数基因挖掘：GWAS分析与应用

目录

内容概要．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.2国内外研究现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5

1.3研究目标与内容．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9

材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11

2.1实验材料．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11

2.1.1供试群体．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13

2.1.2表型数据采集．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14

2.2分子标记开发．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16

2.2.1高通量测序．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19

2.2.2质量控制与筛选．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21

2.3GWAS分析策略．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28

2.3.1软件平台选择．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30

2.3.2协方差结构校正．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33

2.4基因定位与验证．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35

2.4.1等位基因效应分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37

2.4.2分子标记辅助选择．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38

结果与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．40

3.1表型数据统计分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41

3.1.1变异系数与遗传力估算．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42

3.1.2家系结构分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．44

3.2分子标记遗传多样性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．46

3.2.1体细胞多态性评估．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．47

3.2.2标记基因型分布．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．50

3.3关键QTL定位．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．52

3.3.1主效基因区间检测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．55

3.3.2环境互作效应分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．56

3.4基因功能注释与验证．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．58

3.4.1保守性同源分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．58

3.4.2基因表达模式验证．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．59

应用与推广．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．62

4.1分子标记育种实践．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．62

4.1.1筛选高配合力株系．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．64

4.1.2评价标记辅助育种效率．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．66

4.2基因工程展望．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．68

4.2.1功能获得性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．70

4.2.2基因编辑技术改良．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．