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棕榈科植物内生微生物生态研究

目录

内容概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.1.1棕榈科植物的资源价值概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6

1.1.2内生微生物与植物互作的生态学价值．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

1.1.3国内外相关领域研究现状与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12

1.2研究目标与内容．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13

1.2.1主要研究目的界定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18

1.2.2具体研究章节框架说明．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19

1.3技术路线与方法选．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19

1.3.1研究区域选取与环境概况．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22

1.3.2采样策略与样本采集规范．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23

1.3.3实验室处理及分子生物学技术路线．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25

材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28

2.1研究材料选取与鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29

2.1.1实验用棕榈科植物种类多样性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32

2.1.2植株健康状况与内生菌分离标准．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36

2.2实验设计与样品采集．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38

2.2.1不同组织部位采样方案设计．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．39

2.2.2环境因子记录．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41

2.3生境微生物分离纯化方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．43

2.3.1固体培养基筛选与纯化技巧．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．44

2.3.2菌株形态特征初步鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．46

2.416SrRNA基因测序分析策略．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．47

2.4.1DNA提取与质量检测标准．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．48

2.4.2高通量测序实验室流程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．50

2.4.3序列数据处理与α/β多样性指数计算．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．51

2.5生物信息学分析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．55

2.5.1植物内生菌系统发育树构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．59

2.5.2多样性指数与群落组成差异性比较．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．62

2.6数据统计与分析软件说明．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．64

结果与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．67

3.1棕榈科植物内生菌多样性检测结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．68

3.1.1不同宿主部位微生物富集状况．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．70

3.1.2门水平OTU分类概况统计．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．72

3.2占优势的内生菌类群鉴定分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．73

3.2.1与健康相关性显著的菌属分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．74

3.2.2聚类分析揭示的优势菌群谱．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．78

3.3植物内生菌群落生态位特征探讨．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．79

3.3.1环境因子对种多样性的影响建模．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．82

3.3.2个体间生态位重叠情况计算．．．．．．．．．．．．．．