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2025-9-9
AnAIsystemtohelpscientistswriteexpert-levelempiricalsoftware
Thecycleofscientificdiscoveryisfrequentlybottleneckedbytheslow,manualcreationofsoftwaretosupportcomputationalexperiments.Toaddressthis,wepresentanAIsystemthatcreatesexpert-levelscientificsoftwarewhosegoalistomaximizeaqualitymetric.ThesystemusesaLargeLanguageModel(LLM)andTreeSearch(TS)tosystematicallyimprovethequalitymetricandintelligentlynavigatethelargespaceofpossiblesolutions.Thesystemachievesexpert-levelresultswhenitexploresandintegratescomplexresearchideasfromexternalsources.Theeffectivenessoftreesearchisdemonstratedacrossawiderangeofbenchmarks.Inbioinformatics,itdiscovered40novelmethodsforsingle-celldataanalysisthatoutperformedthetophuman-developedmethodsonapublicleaderboard.Inepidemiology,itgenerated14modelsthatoutperformedtheCDCensembleandallotherindividualmodelsforforecastingCOVID-19hospitalizations.Ourmethodalsoproducedstate-of-the-artsoftwareforgeospatialanalysis,neuralactivitypredictioninzebrafish,timeseriesforecastingandnumericalsolutionofintegrals.Bydevisingandimplementingnovelsolutionstodiversetasks,thesystemrepresentsasignificantsteptowardsacceleratingscientificprogress.
Keywords:TreeSearch,GenerativeAI,ScorableScientificTasks,EmpiricalSoftware
Introduction
Scientistsneeddiverseinformationtoadvancetheirscientificagendas.Somearesimplequestionsforwhichperfunctoryanswerscanbefulfilledbyasearchengine.However,performingcomputationalexperimentsoftendemandsdeeperinformation.Forexample,oneoftheauthors’researchinvolvesdeforestationanalyses,assessinglandcoverchange1usingglobalspatially-resolvedmeasurements,pastandpresent.Thisiscarriedoutusingasatellite-baseddeforestationdetector,builtwithcodetoanswerascientificquestion.Adeforest
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