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基于二代测序技术剖析非人灵长类基因组与转录组的进化分野与医学关联

一、引言

1.1研究背景与意义

自20世纪70年代末第一代测序技术诞生以来，基因测序技术取得了突飞猛进的发展。第一代测序技术以Sanger测序法为代表，虽然准确性高，但通量低、成本高且测序速度慢，一次只能获得一条长度在700-1000个碱基的序列，无法满足大规模基因组测序的需求。随着科学研究的深入和技术的不断革新，第二代测序技术应运而生。第二代测序技术，又称下一代测序技术，是对第一代测序技术的划时代变革，其核心思想是边合成边测序。这一技术的出现，使得测序通量大幅提升，成本显著降低，能够在短时间内获得海量的测序数据。

在众多的研究领域中，非人灵长类作为与人类亲缘关系最为接近的动物群体，在理解人类演化和疾病机制方面发挥着不可替代的重要作用。从演化的角度来看，非人灵长类与人类在漫长的进化历程中有着共同的祖先，通过对它们基因组和转录组的研究，可以深入探究人类独特性状的起源和演变。比如，通过比较不同灵长类物种的基因组，科学家能够发现那些在人类进化过程中发生特异性改变的基因和遗传区域，这些改变可能与人类的智力发展、语言能力、直立行走等独特特征密切相关。在疾病研究领域，非人灵长类动物模型由于其生理、遗传和解剖结构与人类的高度相似性，成为研究人类疾病发病机制、病理过程和开发治疗方法的理想工具。许多在人类中难以开展的研究，借助非人灵长类模型得以实现。以神经退行性疾病为例，阿尔茨海默病、帕金森病等疾病在非人灵长类动物身上能够表现出与人类相似的病理特征和行为变化，这为深入研究这些疾病的发病机制提供了重要的线索。

1.2研究目的

本研究旨在利用二代测序技术，对多种非人灵长类的基因组和转录组进行全面、系统的比较分析。通过精确测定非人灵长类基因组的碱基序列，以及在不同组织和生理状态下转录组的表达谱，深入挖掘它们之间的遗传差异。具体而言，将从基因序列变异、基因拷贝数变化、基因表达调控等多个层面进行细致的研究，力求揭示这些遗传差异背后隐藏的分子机制。同时，通过构建高精度的遗传图谱，明确不同非人灵长类物种之间的亲缘关系和演化路径，为灵长类的进化研究提供坚实的数据支撑。本研究还将深入探讨遗传差异与非人灵长类的生理特征、行为模式以及对疾病的易感性之间的内在联系，期望能够为人类疾病的防治、药物研发以及生物医学的发展提供全新的思路和有力的理论依据。

1.3国内外研究现状

近年来，国内外科研团队在利用二代测序技术开展非人灵长类基因组和转录组研究方面取得了丰硕的成果。在基因组研究领域，中国科学院昆明动物研究所宿兵课题组运用三代长读长测序技术（PacBio），并结合多种基因组辅助组装技术（Bionano光学图谱技术、Hi-C互作图谱技术、以及Iso-Seq测序技术），成功组装了一个高质量的中国恒河猴参考基因组——rheMacS。相比于之前主要基于二代测序的印度恒河猴参考基因组，rheMacS的基因组质量提高了75倍，填补了2万多个之前参考基因组存在的缺口（gaps）。上海交通大学毛亚飞课题组联合中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心孙强课题组，首次完成了非人灵长类动物端粒到端粒的完整基因组组装，精准度达到百万级别，为深入理解复杂基因组区域提供了重要材料。研究发现，人类与猕猴之间存在93处关键结构差异，其中21处是首次被发现，这些差异不仅影响了基因表达的细胞类型特异性，还可能与智力障碍等疾病相关。

在转录组研究方面，国内外学者也开展了一系列富有成效的工作。有研究对恒河猴多个脑区进行转录组分析，以探索非人灵长类大脑衰老的遗传机制。通过对4只青年猕猴和3只老年猕猴44个脑区共547个的二代RNA测序数据进行深入挖掘，发现猕猴不同脑区受衰老的影响程度存在差异，在皮质区，各个脑区的连接度随着衰老出现衰减。此外，还有研究针对灵长类动物在不同发育阶段、不同环境刺激下的转录组变化进行了研究，为揭示灵长类的发育和适应性进化机制提供了重要信息。

尽管已经取得了上述显著进展，但目前的研究仍存在一定的局限性。一方面，已研究的非人灵长类物种相对有限，许多珍稀物种和具有特殊生物学特征的物种尚未得到充分的关注和研究。另一方面，对于基因组和转录组数据的深度挖掘和整合分析还不够完善，如何将这些数据与功能研究相结合，进一步揭示遗传信息与生物表型之间的内在联系，仍然是当前研究面临的重要挑战。

二、二代测序技术概述

2.1二代测序技术原理

2.1.1边合成边测序原理

二代测序技术的核心原理是边合成边测序（SequencingbySynthesis）。在DNA合成过程中，利用荧光标记的dNTP（脱氧核糖核苷酸）来捕捉DNA链延伸过程中