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生物信息分析师考试试卷
一、单项选择题(共10题,每题1分,共10分)
以下哪个工具主要用于短读长序列与参考基因组的比对?
A.SOAPdenovo
B.BWA
C.GATK
D.Salmon
答案:B
解析:BWA(Burrows-WheelerAligner)是经典的短读长序列比对工具,适用于Illumina等短读长测序数据的比对;SOAPdenovo是基因组组装工具(A错误);GATK(GenomeAnalysisToolkit)主要用于变异检测与质控(C错误);Salmon是基于k-mer的转录本定量工具(D错误)。
人类基因组中,“GC含量”通常指的是:
A.基因组中鸟嘌呤和胞嘧啶的总质量占比
B.编码区中鸟嘌呤和胞嘧啶的摩尔比
C.全基因组中鸟嘌呤与胞嘧啶的碱基比例
D.启动子区域中G+C的绝对数量
答案:C
解析:GC含量(GCcontent)是基因组中鸟嘌呤(G)和胞嘧啶(C)两种碱基占总碱基的比例(摩尔比),通常用于描述基因组或序列片段的碱基组成特征(C正确);A错误在于“质量占比”而非摩尔比;B错误在于“编码区”非全基因组;D错误在于“绝对数量”而非比例。
以下哪种测序技术属于三代测序(单分子实时测序)?
A.IlluminaHiSeq
B.PacBioSMRT
C.IonTorrent
D.454测序
答案:B
解析:三代测序技术以PacBioSMRT(单分子实时测序)和OxfordNanopore(纳米孔测序)为代表,特点是长读长、单分子测序(B正确);Illumina(A)、IonTorrent(C)、454(D)均为二代测序技术,依赖短读长和扩增。
在RNA-seq数据分析中,“FPKM”用于衡量:
A.基因的表达量
B.测序数据的错误率
C.可变剪接的多样性
D.样本间的相关性
答案:A
解析:FPKM(FragmentsPerKilobaseoftranscriptperMillionmappedreads)是标准化后的基因表达量计算指标,用于校正基因长度和测序深度的影响(A正确);错误率由Q值衡量(B错误);可变剪接通过外显子计数或isoform定量分析(C错误);样本相关性通过PCA或相关性系数评估(D错误)。
以下哪个数据库主要存储蛋白质相互作用信息?
A.GenBank
B.KEGG
C.STRING
D.Pfam
答案:C
解析:STRING数据库专注于蛋白质-蛋白质相互作用网络的整合与预测(C正确);GenBank存储核酸序列(A错误);KEGG是通路与基因组数据库(B错误);Pfam是蛋白质结构域家族数据库(D错误)。
在ChIP-seq分析中,“peakcalling”的主要目的是:
A.识别转录因子结合位点
B.计算测序数据的比对率
C.检测基因组结构变异
D.预测基因启动子区域
答案:A
解析:ChIP-seq(染色质免疫共沉淀测序)通过peakcalling(峰识别)定位转录因子或组蛋白修饰的结合位点(A正确);比对率是质控指标(B错误);结构变异检测需全基因组测序(C错误);启动子预测依赖序列特征(D错误)。
以下哪种文件格式用于存储变异位点信息?
A.BAM
B.VCF
C.FASTQ
D.GTF
答案:B
解析:VCF(VariantCallFormat)是标准的变异位点(SNP、Indel等)存储格式(B正确);BAM是比对后的二进制序列文件(A错误);FASTQ是原始测序数据格式(C错误);GTF是基因注释格式(D错误)。
关于“主成分分析(PCA)”在生物信息学中的应用,正确的描述是:
A.用于检测基因表达的显著性差异
B.用于降低数据维度以可视化样本间差异
C.用于预测蛋白质的二级结构
D.用于计算测序数据的GC含量
答案:B
解析:PCA通过线性变换将高维数据(如基因表达矩阵)投影到低维空间(主成分),主要用于可视化样本间的整体差异(B正确);差异表达分析使用t-test或DESeq2等(A错误);蛋白质结构预测依赖同源建模或深度学习(C错误);GC含量计算是基础统计(D错误)。
在基因组组装中,“contig”指的是:
A.未经过组装的原始测序读长
B.由重叠读长组装成的连续序列片段
C.包含缺口(gap)的scaffolds
D.完整的染色体序列
答案:B
解析:contig(重叠群)是通过重叠测序读长(reads)组装得到的连续无缺口的DNA序列片段(B正确);原始读长是reads(A错误);scaffold是由contig通过配对信息连接成的更长片段,可能含缺口(C错误);完整染色体需完成scaffold的缺口填补(D错误)。
以下哪
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