2025年ATAC-seq与ChIP-seq多组学整合分析考核试卷.docVIP

2025年ATAC-seq与ChIP-seq多组学整合分析考核试卷

一、单项选择题（每题1分，共30题）

1.ATAC-seq技术主要用于研究什么？

A.DNA甲基化

B.组蛋白修饰

C.RNA表达

D.DNA复制

2.ChIP-seq技术的基本原理是什么？

A.通过抗体富集DNA-蛋白质复合物

B.通过测序检测RNA转录本

C.通过酶切检测DNA损伤位点

D.通过杂交检测基因组重复序列

3.ATAC-seq与ChIP-seq在实验设计上的主要区别是什么？

A.ATAC-seq需要酶切，ChIP-seq不需要

B.ChIP-seq需要抗体，ATAC-seq不需要

C.ATAC-seq检测开放染色质，ChIP-seq检测蛋白质结合位点

D.ATAC-seq适用于所有物种，ChIP-seq不适用

4.以下哪个不是ATAC-seq的优势？

A.通量高

B.成本低

C.对基因组覆盖全面

D.需要特异性抗体

5.ChIP-seq数据分析中，哪个软件用于峰调用？

A.Samtools

B.MACS2

C.Bedtools

D.HOMER

6.ATAC-seq数据处理中，哪个步骤用于去除背景？

A.peakcalling

B.alignment

C.normalization

D.filtering

7.以下哪个指标用于评估ChIP-seq数据的富集程度？

A.FDR

B.IDR

C.p-value

D.foldchange

8.ATAC-seq中，TSS指的是什么？

A.Transcriptionstartsite

B.Transcriptionendsite

C.Transcriptionalregulatoryelement

D.Transcriptionalregulatoryfactor

9.ChIP-seq中，peak指的是什么？

A.DNA-蛋白质结合区域

B.DNA复制起始位点

C.DNA损伤位点

D.DNA甲基化位点

10.以下哪个工具用于ATAC-seq数据的峰调用？

A.MACS2

B.HOMER

C.Samtools

D.Bedtools

11.ChIP-seq数据分析中，哪个步骤用于去除假阳性？

A.peakcalling

B.normalization

C.filtering

D.alignment

12.ATAC-seq中，fragmentation指的是什么？

A.DNA断裂

B.RNA断裂

C.蛋白质断裂

D.染色质断裂

13.ChIP-seq中，tag指的是什么？

A.DNA片段

B.RNA片段

C.蛋白质片段

D.染色质片段

14.以下哪个不是ChIP-seq的优势？

A.高分辨率

B.高通量

C.成本低

D.适用所有蛋白

15.ATAC-seq数据处理中，哪个步骤用于校正批次效应？

A.normalization

B.filtering

C.alignment

D.peakcalling

16.ChIP-seq数据分析中，哪个软件用于基因组浏览器可视化？

A.IGV

B.UCSC

C.Ensembl

D.NCBI

17.ATAC-seq中，librarysize指的是什么？

A.测序深度

B.样本数量

C.DNA片段数量

D.蛋白质结合数量

18.ChIP-seq中，inputDNA指的是什么？

A.总DNA

B.特异性DNA

C.非特异性DNA

D.结合DNA

19.以下哪个不是ATAC-seq的缺点？

A.需要酶切

B.成本高

C.通量低

D.对基因组覆盖不全面

20.ChIP-seq数据分析中，哪个指标用于评估数据的重复性？

A.FDR

B.IDR

C.p-value

D.foldchange

21.ATAC-seq中，sequencingdepth指的是什么？

A.测序深度

B.样本数量

C.DNA片段数量

D.蛋白质结合数量

22.ChIP-seq中，peaks指的是什么？

A.DNA-蛋白质结合区域

B.DNA复制起始位点

C.DNA损伤位点

D.DNA甲基化位点

23.以下哪个工具用于ATAC-seq数据的质量控制？

A.FastQC

B.QIIME

C.RSeQC

D.Samtools

24.ChIP-seq数据分析中，哪个步骤用于去除噪音？

A.peakcalling

B.normalization

C.filtering

D.alignment

25.ATAC-seq中，TSSenrichment指的是什么？

A.转录起始位点富集

B.转录终止位点富集

C.转录调控元件富集

D.转录调控因子富集

26.ChIP-seq中，chip-seq的全称是什么？

A.ChromatinImmunoPrecipitationSequencing

B.DNAArrayComparativeHyb