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基于c-MYCG-四链体结构的高选择性探针发现及其识别动力学机制解析

一、引言

1.1研究背景

在生命科学领域，DNA的结构与功能一直是研究的核心。传统观念中，DNA主要以经典的双螺旋结构存在，然而，随着研究的深入，科学家们发现了多种非双螺旋结构，其中G-四链体结构备受关注。G-四链体是由富含鸟嘌呤（G）的核酸序列通过Hoogsteen氢键相互作用形成的四链核酸结构，这种独特的结构广泛存在于端粒区域以及许多重要基因的启动子区域，如c-MYC、BCL-2、KRAS等癌基因。

c-MYC基因作为一种原癌基因，在细胞的生长、增殖、分化和凋亡等过程中发挥着关键作用。其编码的c-MYC蛋白是一种转录因子，能够调控众多基因的表达，进而影响细胞的生理功能。当c-MYC基因异常表达时，会导致细胞的异常增殖和分化，与多种癌症的发生发展密切相关，如乳腺癌、肺癌、结直肠癌等。在乳腺癌中，c-MYC基因的扩增和过表达较为常见，其高表达与肿瘤的侵袭性、转移潜能以及不良预后相关。研究表明，在三阴性乳腺癌中，c-MYC通路高度上调，c-MYC蛋白的阳性表达率远高于正常组织或其他亚型乳腺癌。

c-MYC基因的表达调控机制十分复杂，其中其启动子区域的G-四链体结构起着至关重要的作用。c-MYC启动子区域包含一段富含鸟嘌呤的序列，在特定条件下能够形成G-四链体结构。这种结构的形成会阻碍转录因子与启动子区域的结合，从而抑制c-MYC基因的转录，进而影响其下游基因的表达。c-MYC启动子G-四链体就像一个“分子开关”，控制着c-MYC基因的表达水平，维持细胞的正常生理功能。一旦这个“开关”出现异常，就可能导致c-MYC基因的异常表达，引发细胞癌变。

由于c-MYC蛋白缺乏明确的配体结合位点，传统的针对蛋白质靶点的药物研发策略难以奏效，使其成为著名的“不可成药”靶点。因此，寻找能够特异性靶向c-MYCG-四链体结构的小分子探针，通过稳定或破坏该结构来调控c-MYC基因的表达，为癌症的治疗提供了新的策略和靶点。目前，虽然已经发现了一些能够与G-四链体结合的小分子配体，但大多数配体的选择性和亲和力仍有待提高，且对其与c-MYCG-四链体相互作用的动力学机制了解有限。深入研究c-MYCG-四链体结构，发现高选择性的探针，并解析其动力学识别机制，对于揭示c-MYC基因的表达调控机制、开发新型抗癌药物具有重要的理论和实际意义。

1.2研究目的与意义

本研究旨在基于c-MYCG-四链体结构，通过计算机辅助药物设计、合成化学、生物物理和细胞生物学等多学科交叉的方法，发现高选择性识别c-MYCG-四链体的小分子探针，并深入研究其与c-MYCG-四链体相互作用的动力学机制。具体而言，首先利用计算机虚拟筛选技术，从大量的小分子数据库中筛选出潜在的能够与c-MYCG-四链体特异性结合的化合物；然后通过化学合成方法制备这些化合物，并运用多种生物物理技术，如荧光光谱、圆二色谱、等温滴定量热法等，对其与c-MYCG-四链体的结合特性进行表征，筛选出具有高选择性和高亲和力的探针；最后，借助分子动力学模拟、核磁共振等技术手段，深入探究探针与c-MYCG-四链体相互作用的动力学过程和分子机制。

本研究的成果对于推动癌症的基础研究和临床治疗具有重要意义。从基础研究角度来看，揭示c-MYCG-四链体与小分子探针相互作用的动力学机制，有助于深入理解c-MYC基因的表达调控网络，为进一步阐明癌症的发生发展机制提供理论依据。在临床治疗方面，高选择性的c-MYCG-四链体探针有望成为新型抗癌药物的先导化合物，为癌症的靶向治疗提供新的策略和药物研发方向。通过特异性地调控c-MYC基因的表达，有望实现对癌症细胞的精准杀伤，减少对正常细胞的损伤，提高癌症治疗的效果和患者的生活质量。此外，本研究中所采用的多学科交叉的研究方法，也为其他“不可成药”靶点的研究提供了借鉴和参考，有助于推动整个药物研发领域的发展。

二、c-MYCG-四链体结构基础

2.1G-四链体结构概述

G-四链体是一种由富含鸟嘌呤（G）的核酸序列形成的特殊高级结构。其形成依赖于特定的富含鸟嘌呤的序列，这些序列中鸟嘌呤通常以连续的串联重复形式存在。当这些富含G的序列处于合适的环境中，如存在单价阳离子（如K+、Na+）时，鸟嘌呤之间通过Hoogsteen氢键相互作用，形成一种平面状的结构单元——G-四分体（G-quartet）。在G-四分体中，四个鸟嘌呤分子通过Hoogsteen氢键形成一个正方形的平面结构，