2025年大学《分子科学与工程》专业题库—— 分子科学与工程中的颗粒模拟技术.docxVIP

2025年大学《分子科学与工程》专业题库——分子科学与工程中的颗粒模拟技术

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、

简述分子动力学（MD）模拟的基本思想和核心步骤。指出MD模拟在研究分子系统动力行为方面的主要优势，并简述其面临的主要局限性。

二、

比较蒙特卡洛（MC）模拟与分子动力学（MD）模拟在研究统计系综性质（如平衡态分布、相变）方面的主要区别。举例说明MC模拟中Metropolis算法的应用原理。

三、

离散元法（DEM）主要用于模拟颗粒系统的力学行为。请简述DEM模拟中接触检测算法的基本原理。当模拟颗粒系统与流体相互作用时，DEM模拟需要考虑哪些额外的力或模型？

四、

在进行分子模拟时，力场参数的选择至关重要。请简述选择力场参数时需要考虑的主要因素。对于不同类型的分子系统（如水分子、有机小分子、蛋白质），在力场选择上通常有何差异？

五、

描述分子模拟中常用的几种系综（如NVT,NPT,NVE），并简要说明它们在控制系统温度和压力方面的基本原理和适用场景。

六、

在进行分子模拟后，分析模拟轨迹或输出数据是获取信息的关键步骤。请列举三种常见的模拟分析内容（例如，能量分析、结构分析），并简要说明每种分析内容所关注的信息及其物理意义。

七、

试述分子模拟结果验证的重要性。列举至少三种将模拟结果与实验数据或理论预测进行比较验证的方法。

八、

设计一个模拟方案，用于研究乙醇分子在石墨烯表面的吸附行为。请简述你的模拟思路，包括：

1.选择合适的模拟方法（如MD或MC）。

2.说明系统构建（如乙醇分子、石墨烯模型的构建）。

3.描述模拟参数设置（如力场、边界条件、系综、模拟时间等）。

4.列出你希望从模拟中获得的主要信息及其分析方法。

试卷答案

一、

基本思想：分子动力学模拟通过数值求解牛顿运动方程，模拟系统内所有粒子（原子或分子）随时间的运动轨迹，从而获得系统的动力学性质和统计性质。

核心步骤：1.建立模拟系统（确定粒子类型、数量、初始位置和速度）；2.选择合适的力场模型（描述粒子间相互作用）；3.设定模拟环境（边界条件、温度、压力等）；4.进行数值积分（如Verlet算法），计算每个时间步粒子的位置、速度和加速度；5.更新粒子状态；6.在模拟过程中或结束后，收集数据（如坐标、能量、力等）；7.分析数据，计算系统的宏观性质（如温度、压力、扩散系数、构象熵等）。

主要优势：1.能够直接获得系统随时间的动态演化信息；2.可以研究复杂系统的非平衡过程；3.能够揭示微观机制与宏观现象之间的联系。

主要局限性：1.计算量巨大，模拟时间和空间尺度有限；2.力场参数的准确性和普适性影响模拟结果；3.难以准确描述长程相互作用（如静电力）；4.模拟结果具有统计涨落，需要大量模拟或统计平均。

二、

主要区别：MD通过直接求解运动方程模拟粒子运动，是确定性算法；MC基于概率统计方法，通过随机抽样生成系统构型，是随机性算法。MD适用于研究动力学过程和短程相互作用；MC更适用于研究平衡态性质、相变和长程相互作用，尤其当粒子数量巨大时计算效率更高。

Metropolis算法应用原理：1.从当前构型开始；2.提出一个扰动（改变粒子位置或速度）生成新构型；3.计算新构型与当前构型的能量差ΔE；4.根据Metropolis准则，判断新构型是否被接受：若ΔE0（能量降低），则接受；若ΔE0（能量升高），则以概率exp(-ΔE/kBT)接受；若未被接受，则保持原构型；5.重复步骤2-4，经过足够长时间后，系统将达到热力学平衡，各构型的概率符合Boltzmann分布。其中kB为Boltzmann常数，T为温度。

三、

接触检测算法基本原理：DEM模拟中，需要实时检测颗粒之间以及颗粒与边界之间是否发生接触。常用方法包括：1.空间划分法：将模拟空间划分为网格或树状结构，仅对邻近的颗粒进行距离计算，减少计算量；2.最近邻搜索法：对于每个颗粒，在其周围一定范围内搜索距离最近的颗粒；3.球叠合法：基于颗粒的半径和位置，判断是否存在重叠。

颗粒与流体相互作用考虑因素：1.流体对颗粒的作用力：如流体拖曳力（考虑Reynolds数依赖性）、流体对颗粒的升力；2.颗粒对流体的反作用力：颗粒运动引起的流体扰动；3.流体模型：需要选择合适的流体模型（如连续介质模型或基于分子模型）来描述流体行为；4.颗粒与流体间的界面作用：如润湿性、表面张力。

四、

选择力场参数时考虑因素：1.化学组成：力场必须包含模拟系统中存在的所有原子类型；2.模拟目的：力场应能准确描述与模拟目的相关的物理性质（如能量、力、扩散系数、相变温度等）；3.精度要求：