2025年大学《分子科学与工程》专业题库—— 分子动力学模拟技术研究.docxVIP

2025年大学《分子科学与工程》专业题库——分子动力学模拟技术研究

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、选择题（每题2分，共20分）

1.下列哪一项不属于分子力学力场中常见的相互作用类型？

A.原子核之间的强相互作用

B.原子间的范德华力

C.原子间的氢键

D.原子间的静电相互作用

2.在分子动力学模拟中，时间积分方程的目的是什么？

A.计算系统的总能量

B.更新系统中所有原子的位置和速度

C.确定系统中原子的类型

D.设置模拟的温度和压力

3.下列哪一种方法不属于分子动力学模拟中的温度控制方法？

A.置换法

B.Nosé-Hoover方法

C.Berendsen方法

D.分子动力学模拟

4.分子动力学模拟中，截断半径的选择对模拟结果有什么影响？

A.截断半径越大，模拟结果越准确

B.截断半径越小，模拟结果越准确

C.截断半径的选择对模拟结果没有影响

D.截断半径的选择会影响范德华力和静电相互作用力的计算

5.下列哪一项不是分子动力学模拟在材料科学中应用的一个例子？

A.模拟材料的力学性能

B.模拟材料的热力学性质

C.模拟材料的表面性质

D.预测材料的晶体结构

6.分子动力学模拟在药物设计中可以用来做什么？

A.模拟药物分子的结构与活性

B.模拟药物与靶标的相互作用

C.模拟药物在体内的转运过程

D.以上所有选项

7.下列哪一种软件不属于常用的分子动力学模拟软件？

A.GROMACS

B.NAMD

C.AMBER

D.MOE

8.在分子动力学模拟中，什么是系综？

A.系统中所有原子的集合

B.系统中所有分子的集合

C.在恒定温度、压力或粒子数下进行的模拟

D.分子动力学模拟软件

9.分子动力学模拟的局限性主要是什么？

A.计算成本高

B.力场的精度有限

C.模拟时间有限

D.以上所有选项

10.下列哪一项是分子动力学模拟与蒙特卡洛模拟的主要区别？

A.分子动力学模拟基于经典力学，而蒙特卡洛模拟基于统计力学

B.分子动力学模拟考虑了分子间的相互作用，而蒙特卡洛模拟不考虑

C.分子动力学模拟可以模拟系统的动力学过程，而蒙特卡洛模拟不能

D.以上所有选项

二、填空题（每空2分，共20分）

1.分子动力学模拟的基本步骤包括：系统构建、______、______、______和结果分析。

2.分子力学中，描述分子间相互作用的能量函数通常称为______。

3.在分子动力学模拟中，用于控制模拟温度的方法称为______。

4.分子动力学模拟中，常用的力场包括CHARMM、AMBER和______。

5.分子动力学模拟在生物学中可以用来研究______的结构和功能。

三、简答题（每题5分，共25分）

1.简述分子动力学模拟的基本原理。

2.比较Berendsen方法和Nosé-Hoover方法的优缺点。

3.分子动力学模拟在材料科学中有哪些应用？

4.简述分子对接的基本原理。

5.分子动力学模拟的局限性有哪些？如何克服这些局限性？

四、计算题（10分）

假设一个由N个原子组成的系统，其中每个原子的质量为m，初始位置和速度分别为r_i和v_i（i=1,2,...,N）。请写出牛顿运动方程，并解释其中各个符号的含义。

五、论述题（25分）

设计一个分子动力学模拟实验方案，用于研究一个蛋白质分子在不同温度下的结构变化。请详细说明实验方案的内容，包括系统构建、参数设置、模拟运行和结果分析等。

试卷答案

一、选择题

1.A

2.B

3.D

4.D

5.D

6.D

7.D

8.C

9.D

10.A

二、填空题

1.参数设置模拟运行数据分析

2.能量函数

3.温度耦合

4.GROMACS

5.生物大分子

三、简答题

1.解析：分子动力学模拟基于牛顿运动定律，通过数值积分方法求解系统中每个原子在力的作用下的运动轨迹，从而获得系统的动力学性质和热力学性质。

2.解析：Berendsen方法是一种弱耦合方法，简单易实现，但模拟系统的温度会随时间变化；Nosé-Hoover方法是一种强耦合方法，可以严格保持模拟系统的温度恒定，但计算较为复杂。

3.解析：分子动力学模拟在材料科学中可以用于研究材料的结构、性质和性能，例如