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基因数据解读师考试试卷
一、单项选择题(共10题,每题1分,共10分)
基因组组装质量评估中,N50值主要反映以下哪项指标?
A.测序读长
B.碱基错误率
C.组装连续性
D.基因密度
答案:C
解析:N50是将组装后的contig按长度从大到小排序,累计长度达到总长度50%时对应的最短contig长度。N50值越大,说明组装后的连续序列越长,组装连续性越好。A为测序仪参数,B为质量分数(如Q30)反映,D为基因分布指标,均与N50无关。
以下哪种变异类型属于单核苷酸变异(SNV)?
A.3个碱基的插入
B.C→T的点突变
C.染色体倒位
D.基因拷贝数增加
答案:B
解析:SNV指单碱基的替换(如C→T)。A为小插入(Indel),C为结构变异(SV),D为拷贝数变异(CNV),均不属于SNV。
临床变异解读中,ClinVar数据库的主要功能是?
A.存储人类全基因组序列
B.记录变异的致病性分类
C.分析基因表达量
D.预测蛋白质三维结构
答案:B
解析:ClinVar是NCBI维护的临床相关变异数据库,收录变异的致病性(如“致病”“良性”)及支持证据。A为GenBank功能,C为RNA-seq分析工具功能,D为SWISS-MODEL等工具功能。
测序数据质量控制中,Q30表示?
A.错误率为30%
B.正确碱基比例为99.9%
C.GC含量为30%
D.比对到参考基因组的比例为30%
答案:B
解析:Q值计算公式为Q=-10×log??(P),其中P为错误率。Q30对应错误率P=0.1%(10?3),即正确碱基比例为99.9%。A错误(Q30错误率0.1%),C为GC含量指标,D为比对率指标。
以下哪个工具常用于二代测序数据的基因组比对?
A.GATK
B.BWA
C.ANNOVAR
D.IGV
答案:B
解析:BWA(Burrows-WheelerAligner)是经典的短读长比对工具,用于将测序reads比对到参考基因组。A(GATK)主要用于变异检测与质控,C(ANNOVAR)用于变异注释,D(IGV)用于可视化。
常染色体隐性遗传病的典型家系特征是?
A.患者双亲必有一方患病
B.男女患病概率相等
C.连续传递3代以上
D.男性患者远多于女性
答案:B
解析:常染色体隐性遗传病需两个致病等位基因(aa),男女遗传概率均等(因常染色体)。A为显性遗传特征(如Aa即可发病),C为显性遗传的连续传递特点,D为X连锁隐性遗传特征(如红绿色盲)。
变异功能注释中,以下哪个工具可提供保守性评分(如PhyloP)?
A.SAMtools
B.SIFT
C.dbNSFP
D.PLINK
答案:C
解析:dbNSFP(DatabaseforNonsynonymousSNPs’FunctionalPredictions)整合了多种功能预测工具(如PhyloP保守性评分、PolyPhen-2致病性预测)。A用于处理SAM/BAM文件,B(SIFT)预测错义变异功能影响,D用于GWAS数据关联分析。
基于二代测序的CNV(拷贝数变异)检测主要依赖以下哪种信号?
A.读长断裂点
B.测序深度异常
C.等位基因失衡
D.插入缺失长度
答案:B
解析:二代测序(短读长)检测CNV的核心方法是通过比对区域的测序深度变化(如重复区域深度升高,缺失区域深度降低)。A为结构变异(SV)的断裂点检测法(如translocation),C用于杂合性丢失(LOH)分析,D为Indel检测指标。
外显子组测序(WES)的平均覆盖度通常要求达到?
A.10×
B.30×
C.100×
D.500×
答案:B
解析:外显子组测序需保证足够覆盖度以准确检测变异,通常要求平均覆盖度≥30×(部分区域需≥50×)。10×覆盖度易漏检杂合变异,100×及以上为全基因组测序(WGS)或特殊研究需求。
全基因组关联研究(GWAS)中,常用的统计方法是?
A.连锁分析
B.卡方检验
Cochrran-Armitage趋势检验
D.孟德尔随机化
答案:C
解析:GWAS用于分析SNP与表型的关联,CCochrran-Armitage趋势检验适用于病例-对照研究中基因型与表型的线性趋势分析。A用于家系单基因病定位,B用于分类变量差异检验(如性别分布),D用于因果推断。
二、多项选择题(共10题,每题2分,共20分)
基因数据质量控制的关键步骤包括?
A.原始数据的测序深度评估
B.比对后的GC含量偏差分析
C.变异检测的孟德尔冲突检查
D.蛋白质表达量的Westernblot验证
答案:ABC
解析:基因数据质控涵盖原始数据(如FastQC检查测序深度、错误率)、比对数据(
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