2025年大学《生物信息学》专业题库—— 生物信息学在种群动态研究中的价值.docxVIP

2025年大学《生物信息学》专业题库——生物信息学在种群动态研究中的价值

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、

简述生物信息学为种群动态研究带来的主要优势，并与传统研究方法进行比较。

二、

环境DNA（eDNA）技术如何被应用于种群动态研究？请说明其基本原理、主要应用场景以及可能面临的挑战。

三、

种群遗传结构分析（如基于SNP数据的分析）能够揭示哪些关于种群动态的信息？请结合实例说明。

四、

高通量测序技术（如宏转录组学）在研究种群动态和生态系统功能方面有哪些潜在的应用价值？请举例说明。

五、

描述利用生物信息学方法分析长时间序列的种群调查数据以构建种群动态模型的流程。指出在此过程中可能遇到的关键技术和挑战。

六、

生物信息学在研究物种相互作用（如捕食-被捕食关系）对种群动态影响方面能发挥什么作用？请举例说明。

七、

假设一项研究旨在利用基因组重测序数据探究某物种的种群扩张历史及其对当前种群动态的影响。请设计一个生物信息学分析方案，包括需要使用的关键技术和分析步骤。

八、

讨论将环境DNA、空间数据和气候数据与生物信息学方法相结合，在研究气候变化对种群动态影响方面的潜力。

试卷答案

一、

生物信息学的主要优势在于能够高效处理和分析大规模、复杂的数据集（如基因组、转录组、表观基因组数据），从而揭示传统方法难以发现的种群结构和动态模式。它支持从分子水平到种群水平的多层次分析，能够处理时空序列数据，进行高精度的种群参数估计（如丰度、迁徙率），构建复杂的动态模型，并进行大规模的种群遗传结构比较。此外，生物信息学方法可以实现自动化和标准化分析流程，提高研究效率和可重复性。与传统方法相比，生物信息学通常能提供更精细、更深入的种群动态洞察，尤其是在研究历史种群动态和预测未来趋势方面。

二、

eDNA技术通过分析环境样本（如水、土壤）中残留的微量生物DNA，间接推断物种的存在、丰度和分布。其基本原理是，生物体在环境中会释放DNA，研究人员通过捕获含有目标物种DNA的环境样本，进行高通量测序，然后通过生物信息学方法（如物种特异性引物设计、数据库比对、丰度定量算法）识别和量化目标物种的DNA片段。主要应用场景包括难以直接观测或捕捉的稀有、濒危或隐匿物种的检测与丰度估算，物种分布范围的快速评估，以及大范围种群遗传结构的抽样调查。挑战主要包括环境样本中DNA的降解和复合，非目标DNA的干扰，低丰度目标物种DNA的检测灵敏度和特异性问题，以及如何准确从eDNA数据推断种群动态过程。

三、

种群遗传结构分析通过比较种群内个体间的遗传差异（通常基于大量微卫星标记或SNP位点），揭示种群的遗传多样性分布、群体分化程度、迁徙历史和个体间亲缘关系。这能间接反映种群动态，例如：高遗传分化可能指示地理隔离或不同的局部种群动态；低遗传分化可能表明频繁的基因流或近期的人口扩张；特定遗传标记（如中性等位基因频率变化）的频率变化可以推断种群大小波动和有效种群数量历史；通过分析种群结构图或遗传距离，可以识别不同的生态位分化或适应分化群体，这些都受到种群动态过程的影响。例如，通过分析全球范围内的遗传结构，可以重建物种的迁徙路线和扩散历史，从而理解其种群动态的形成过程。

四、

高通量测序技术能够大规模、快速地测序生物样本中的所有或部分RNA（宏转录组）或DNA（宏基因组、宏线粒体基因组），从而揭示种群在特定环境下的功能基因表达谱、代谢活动、物种组成和相互作用网络。在研究种群动态方面，宏转录组学可以用来分析环境变化（如温度、食物资源）对种群生理状态和功能性状（如繁殖、抗逆）的即时影响；通过比较不同时空点或不同地理区域样品的宏转录组，可以识别驱动种群动态的关键生态过程和功能响应。宏基因组学则能揭示种群及其环境的微生物群落组成和功能潜力，这对于理解生物地球化学循环、植物-土壤互作、病害流行等影响种群动态的因素至关重要。其潜在价值在于提供“功能视角”的种群动态信息，揭示种群对环境的适应性机制。

五、

利用生物信息学分析长时间序列种群调查数据的流程通常包括：首先，进行数据清洗和预处理，处理缺失值、异常值，统一时间尺度；其次，利用时间序列分析方法（如ARIMA模型、状态空间模型、非线性模型）检测种群数量、分布或其他关键指标的变化趋势、周期性、突变点等；接着，结合地理信息系统（GIS）数据，分析种群动态的时空格局及其与环境因子（如气候数据、栖息地变化）的关系；然后，可能需要构建整合环境因子、种群参数的动态模型（如个体基于模型、矩阵模型或基于代理的模型），利用历史数据进行参数估计和模型验证；最后，通过模型预测未来种群动态，并评估不同情景（如气候变化、栖息地丧失）下的种群趋势。关键技术和挑战包括处理时空数据的复杂统计模型、模型选择的恰当性、环境