2025年大学《生物信息学》专业题库—— 生物信息学在环境微生物调查中的作用.docxVIP

2025年大学《生物信息学》专业题库——生物信息学在环境微生物调查中的作用

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、简答题（每题6分，共30分）

1.简述使用16SrRNA基因测序技术进行环境微生物群落结构分析的基本流程，并列举至少两个在每个步骤中可能遇到的技术挑战。

2.在环境宏基因组学数据分析中，进行序列比对有哪些主要策略？简述其中一种策略的优缺点。

3.什么是Alpha多样性和Beta多样性？它们分别用来描述群落结构的哪些方面？请各列举一个衡量Alpha多样性的常用指数。

4.解释什么是物种注释和功能注释在环境微生物数据分析中的意义。它们各自依赖哪些类型的数据库？

5.假设你正在研究重金属污染对河流底泥微生物群落功能的影响，请简述你会运用生物信息学方法设计分析方案的思路，需要关注哪些方面的基因丰度变化？

二、论述题（每题10分，共20分）

6.论述生物信息学方法如何推动我们对环境微生物功能多样性和生态系统服务功能的理解。请结合具体分析手段或研究实例进行说明。

7.随着测序技术的快速发展，环境微生物组数据的规模和复杂性日益增加。你认为这给生物信息学分析带来了哪些新的挑战？为了应对这些挑战，研究者们可以采取哪些策略？

三、分析题（每题10分，共20分）

8.某研究项目比较了城市公园土壤和周边农田土壤的微生物群落结构。研究者获得了两组土壤样品的16SrRNA基因测序数据，并计算了各自的Alpha多样性指数和Beta多样性指数（如基于Unifrac距离的PCoA结果）。请描述你将如何利用这些生物信息学分析结果来比较这两个环境的微生物群落差异，并试图解释这些差异可能的原因。

9.假设你获得了一组未经处理的原始环境样品宏基因组测序数据（FastQ格式）。请详细列出从数据质量控制到物种/功能注释大致需要经历的生物信息学分析步骤，并简要说明每一步骤的目的和可能使用的关键工具或概念。

试卷答案

一、简答题

1.答案：

*基本流程：样品采集与处理-DNA提取与纯化-16SrRNA基因扩增（使用通用引物）-PCR产物定量与混合-精细测序（如Illumina测序）-获取原始测序数据（FastQ格式）-数据质控（过滤低质量序列、去除引物序列、去除Chimeras）-序列比对（与参考数据库如Greengenes/SILVA进行比对）-OTU聚类（将相似度高的序列聚类成OTUs）-OTU注释（将每个OTU的代表性序列与数据库中的序列进行比对，确定物种分类）。

*技术挑战：样品采集代表性不足、DNA提取效率低或宿主DNA污染、PCR扩增偏倚导致群落组成失真、测序错误率影响比对和聚类、数据库不完善导致部分OTU无法注释。

*解析思路：考察对16SrRNA测序技术完整工作流程的掌握程度，以及对学生需要识别和思考实验中潜在问题的能力的评估。要求学生不仅知道步骤，还要理解每一步的目的和可能遇到的困难。

2.答案：

*主要策略：

*比对到参考基因组/数据库：将宏基因组测序获得的序列直接比对到已知的基因组数据库（如NCBInr/nt数据库，或专门的宏基因组数据库如MGnify）。

*denovo组装：将所有样品的序列进行混合，然后进行拼接，组装成较大的基因组或转录组片段（contigs），再将这些contigs进行后续分析。

*优点与缺点（以比对到参考数据库为例）：

*优点：分析速度快，能充分利用已知的基因信息，易于进行物种注释和功能预测。

*缺点：受限于数据库质量，可能无法鉴定新的基因或物种，无法分析未在数据库中收录的序列，比对可能将不同来源的相似序列错误地归为一类。

*解析思路：考察学生对宏基因组数据分析核心策略的理解。要求学生区分不同策略的基本思想和适用场景，并能分析其中一种策略的利弊，体现对技术选择的理解。

3.答案：

*Alpha多样性：衡量样本人体内物种的丰富程度，即物种数量的多少。常用指数：Shannon指数、Simpson指数、Chao1指数。

*Beta多样性：衡量不同样品之间物种组成差异的大小，反映群落结构的不同。常用指数：Simpson距离、Jaccard距离、Unifrac距离（包括Bray-Curtis距离）。

*解析思路：考察学生对群落多样性两个主要维度（丰富度和差异性）及其量化指标的理解。要求学生能够准确定义并列举常用的计算指数，这是环境微生物组数据分析的基础。

4.答案：

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