2025年大学《生物信息学》专业题库—— 生物信息学在药物疗效预测中的应用.docxVIP

2025年大学《生物信息学》专业题库——生物信息学在药物疗效预测中的应用

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、

简述药物疗效个体化差异的主要生物学因素，并说明生物信息学在研究这些因素方面能发挥哪些作用。

二、

解释什么是药物靶点。列举至少三种不同的药物靶点发现方法，并简要说明其中一种方法的原理。

三、

描述基于基因组学数据预测药物疗效的主要思路。举例说明如何利用基因表达谱数据预测某种疾病对特定化疗药物的敏感性。

四、

什么是QSAR？简述QSAR模型在药物设计及疗效预测中的应用过程。

五、

简述分子对接技术在预测药物与靶点相互作用及疗效中的应用原理。指出分子对接预测结果可能存在的局限性。

六、

比较支持向量机（SVM）和随机森林（RandomForest）两种机器学习算法在构建药物疗效预测模型时的主要异同点。

七、

多组学数据整合在药物疗效预测中具有重要意义。简述整合基因表达数据、蛋白质表达数据和临床反应数据的基本流程，并说明整合分析的优势。

八、

提及至少三个在药物疗效预测领域常用的公共数据库，并分别说明其主要内容和用途。

九、

药物脱靶效应是指药物除了作用于预期靶点外，还与其他非靶点蛋白发生相互作用。简述如何利用生物信息学方法预测药物的脱靶效应，并说明脱靶效应对药物疗效和安全性的影响。

十、

结合你所了解的某个具体药物或疾病，论述生物信息学在预测其疗效方面的应用现状、挑战和未来发展趋势。

试卷答案

一、

药物疗效个体化差异的主要生物学因素包括遗传背景（如基因多态性）、基因表达水平、表观遗传修饰、微生物组组成、既往用药史和合并用药等。生物信息学通过分析大规模生物数据（如基因组、转录组、蛋白质组、代谢组数据），可以帮助识别与疗效相关的遗传变异、构建个体化预测模型、理解复杂生物学机制、筛选合适的候选药物或剂量，从而实现精准医疗。

二、

药物靶点是指能与药物发生相互作用并介导药物产生药理效应的分子，通常是蛋白质或核酸。药物靶点发现方法包括：1.基于文献和数据库挖掘：利用已知药物靶点信息，通过序列或结构相似性搜索发现新靶点。2.基于基因组学数据：利用基因表达谱芯片或测序数据，比较治疗有效与无效患者/样本的基因表达差异，筛选候选靶点。3.基于化学基因组学：筛选化合物库，寻找能与特定基因组（如全基因组或特定功能集）产生显著相互作用（如基因表达变化）的化合物，其对应的基因组成员可能为靶点。其中，基于基因组学数据的方法原理是利用生物信息学工具分析大规模基因表达数据，通过统计方法识别在特定药物反应背景下显著上调或下调的基因，这些基因编码的蛋白质很可能是该药物的作用靶点。

三、

基于基因组学数据预测药物疗效的主要思路是：首先，收集目标患者或相关人群的基因表达谱数据（如RNA-Seq或微阵列数据）。其次，根据疗效将患者分组（如敏感组、耐药组）。然后，利用生物信息学方法（如差异表达分析、生存分析、机器学习）比较两组间的基因表达差异，筛选出与药物疗效显著相关的特征基因。最后，构建预测模型（如逻辑回归、支持向量机），利用这些特征基因对新的患者进行疗效预测。例如，预测某癌症患者对特定化疗药物（如顺铂）的敏感性，可以分析顺铂治疗反应良好与较差的癌症患者队列的基因表达谱，发现高表达某基因（如某个转录因子或凋亡相关基因）的患者对该药物更敏感，然后基于此基因的表达水平构建预测模型。

四、

QSAR（定量构效关系）是一种利用数学模型定量描述化学物质结构与生物活性（或药效）之间关系的学科。其应用过程通常包括：1.数据收集：收集一系列具有相似骨架但结构上存在细微差异的化合物及其对应的生物活性数据。2.结构编码：将化合物的结构信息转化为数值型数据（即分子描述符），常用描述符包括拓扑指数、电子分布指数、分子指纹等。3.模型建立：选择合适的统计方法（如多元线性回归、非线性回归、偏最小二乘法等），利用结构描述符和生物活性数据建立数学模型。4.模型评估与验证：使用内部验证集和外部验证集评估模型的预测能力、稳健性和适用范围。5.理解与预测：分析模型的统计参数和结构描述符的贡献，解释构效关系规律，并利用建立的模型预测未知化合物的生物活性或预测其对特定生物过程的疗效。

五、

分子对接技术的应用原理是：基于药物分子（配体）和靶点分子（通常是蛋白质活性位点）的三个主要假设（柔性配体、刚性靶点、结合位点是结合口袋），利用计算机模拟计算药物分子与靶点分子之间的相互作用能。通过将药物分子像钥匙一样“对接”到靶点分子的结合口袋中，评估不同构象下的结合亲和力（如结合自由能ΔGbind），预测最可能形成的结合模式（构象）和结合强度。高亲和力的对接构象通常预示着较强的相互作用和潜在的疗效。局限性包括：1.模型依赖性：预测精度依赖于