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2025年大学《生物信息学》专业题库——生物信息学在城市生态系统研究中的应用

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、

简述城市生态系统的主要特征及其对生物多样性带来的影响。

二、

列举三种常用的城市环境中微生物群落的宏基因组学分析方法，并简述每种方法的核心原理。

三、

在分析城市绿地植物转录组数据时，常用的差异表达基因分析流程有哪些？请简述关键步骤。

四、

什么是系统发育树？简述其在研究城市环境下物种进化关系或群落组成演替中的应用。

五、

试比较分析城市土壤环境与城市水体环境中微生物组研究的异同点，并说明这如何影响生物信息学分析策略的选择。

六、

描述如何利用生物信息学工具分析城市空气污染（如PM2.5）对附近公园内植物叶片基因表达谱的影响。

七、

简述生物信息学在揭示城市热岛效应对城市树木生理生态影响方面的研究思路和可能采用的关键技术。

八、

在处理城市生态系统研究中产生的大规模生物信息数据时，数据存储、管理和共享面临哪些挑战？请提出至少三种生物信息学解决方案。

九、

设计一个简要的研究方案，利用高通量测序技术（具体说明测序类型）和生物信息学分析，研究不同城市绿化模式（如公园、街道林荫带）对土壤细菌群落结构和功能的影响。

十、

讨论生物信息学分析结果在城市生态风险评估、环境治理方案制定或城市规划设计中的应用潜力与局限性。

试卷答案

一、

城市生态系统的主要特征包括：人类活动强度高、环境扰动频繁、生境异质性高、物种组成受人为选择影响大、物质循环加速等。这些特征导致生物多样性面临威胁，表现为物种多样性降低、遗传多样性流失、生态系统功能退化，但也可能促进某些适应性强的物种（如杂草、部分入侵物种）的繁荣。

二、

常用的分析方法包括：

1.高通量测序（如16SrRNA测序、宏转录组测序、宏基因组测序）：核心原理是利用测序技术获取环境中所有生物（或特定目标生物）的遗传标记（如16SrRNA序列、基因序列），通过序列比对、聚类、分类等步骤，分析群落的结构（物种组成、丰度）、功能和多样性。

2.差异菌群分析（如Metastats）：核心原理是比较不同样本（如污染与未污染土壤）间的微生物群落组成差异，识别在特定环境下丰度发生显著变化的物种，并关联其可能的生态功能。

3.功能预测（如MG-RAST,HMMER）：核心原理是基于宏基因组测序获得的基因序列，通过与已知基因数据库进行比对或利用HMM模型，预测样本中存在的一定功能基因（如参与特定代谢途径的基因），从而评估群落的功能潜力。

三、

差异表达基因分析流程：

1.数据预处理：对原始测序数据进行质量控制和过滤，去除低质量读段和接头序列，进行序列比对到参考基因组或转录组数据库。

2.表达量估计：计算每个基因或转录本在各个样本中的表达量（如FPKM,TPM），反映其转录丰度。

3.差异表达检验：使用统计学方法（如t检验、ANOVA、DESeq2、edgeR等模型）比较不同处理组或条件间的基因表达量差异，识别显著差异表达的基因（DEGs）。

4.结果整理与可视化：筛选显著性和/或效应量达到一定标准的DEGs，进行排序，并使用热图、火山图等方式进行可视化展示。

四、

系统发育树是基于物种或基因序列的相似性，通过进化模型推断出的表示物种或基因之间亲缘关系和进化历史的树状图。在研究城市环境下物种进化关系时，可用于构建城市特有物种、入侵物种或本地物种与近缘种的进化谱系，揭示其起源、分化时间和适应性进化过程。在研究群落组成演替时，可用于分析不同时间点或不同环境下群落成员间的进化关系，理解物种更替的驱动因素和机制。

五、

异同点及分析策略影响：

1.组成差异：土壤微生物组通常物种丰富度和复杂性高于水体微生物组，且受土壤理化性质（pH、有机质、养分）影响更直接；水体微生物组受水体流动、水文条件、溶解氧、污染物浓度影响显著，常以浮游生物为主。

2.生活方式差异：土壤微生物多为固着生活，与土壤颗粒物紧密关联；水体微生物多为浮游生活或底栖生活，与水体环境互动。

3.分析策略影响：土壤分析可能更侧重于群落结构、功能基因丰度与土壤肥力/污染的关系；水体分析可能更关注浮游生物类群（如藻类、细菌）的动态变化及其对水质指示作用。数据处理上，土壤样品的DNA提取可能更复杂，需考虑团聚体效应；水体样品需关注样品保藏和不同粒径分级。选择分析策略时需考虑样品特性、研究目的和可用数据库。

六、

研究思路与关键技术：

1.研究思路：采集城市不同污染水平区域的公园植物叶片样本，提取总RNA，进行高通量转录组测序。通过生物信息学分析，比较不同污染组与对照组叶片的基因表达谱差异，筛选出响应空气污染的关键基因（如抗氧化基因、胁迫