2025年大学《生物信息学》专业题库—— 生物信息学方法在植物遗传多样性资源保护中的应用.docxVIP

2025年大学《生物信息学》专业题库——生物信息学方法在植物遗传多样性资源保护中的应用

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、选择题（每题2分，共20分）

1.在评估一个植物种群的遗传多样性时，以下哪一项指标主要反映种群内不同等位基因的频率差异？

A.核心染色体数量

B.群体大小

C.核苷酸多样性（π）

D.基因染色体组倍性

2.对于大规模基因组测序数据的存储和管理，以下哪个数据库通常被认为是全球最大、最权威的基因序列存储库？

A.TAIR(ArabidopsisInformationResource)

B.PlantGDB(PlantGenomeDatabase)

C.GenBank

D.EMBL-EBI

3.当需要比对大量蛋白质序列或核酸序列时，以下哪种算法通常比基于局部优化的BLAST方法更倾向于找到全局最优的比对结果？

A.BLAST

B.ClustalW

C.Smith-Waterman

D.Needleman-Wunsch

4.在进行植物群体遗传结构分析时，PCA（主成分分析）主要用来做什么？

A.构建系统发育树

B.识别遗传多样性最高的样本

C.探索样本群体在多个遗传维度上的分布和分离

D.预测基因的功能

5.用于检测基因家族成员并推断其共同祖先和进化关系的主要方法是什么？

A.系统发育树构建

B.KEGG通路富集分析

C.同源基因分析

D.基因表达谱聚类

6.对于长片段DNA序列的拼接（组装），尤其是在缺乏参考基因组的情况下，以下哪种策略通常更有效？

A.基于参考基因组的映射组装

B.基于SOAPdenovo等denovo组装

C.基于序列比对的组装

D.基于物理图谱的组装

7.在利用生物信息学方法进行濒危植物保护时，构建系统发育树的主要目的是什么？

A.美化基因组结构图

B.评估物种间或种内群体的进化关系，为保护优先级排序提供依据

C.预测物种未来的演替方向

D.确定物种的染色体数目

8.以下哪种生物信息学工具或库最适合用于进行大规模基因表达数据的可视化分析和统计建模？

A.BLAST

B.Samtools

C.R语言（及其相关生物信息学包，如Bioconductor）

D.ClustalOmega

9.SNP（单核苷酸多态性）芯片或测序数据在植物遗传多样性研究中主要应用于哪些方面？（多选，请选出所有适用选项）

A.构建高密度遗传图谱，进行QTL定位

B.精确评估群体遗传结构

C.检测物种间或品种间的遗传差异

D.直接进行基因功能注释

10.利用RNA-Seq数据推断基因表达谱时，其中一个关键步骤是进行哪些操作？

A.转录本序列的比对

B.蛋白质序列的翻译

C.基因组序列的组装

D.染色体核型分析

二、简答题（每题5分，共25分）

1.简述核苷酸多样性（π）的概念及其在衡量种群遗传变异度中的作用。

2.列举至少三种常用的系统发育树构建方法，并简述其中任意一种方法的基本原理。

3.在进行植物转录组数据分析时，从原始测序读数（RawReads）到获得可用的基因表达量估计值（如FPKM或TPM）通常需要经历哪些关键的数据处理步骤？

4.什么是基因注释？在进行植物基因注释时，主要会参考哪些类型的公共数据库或资源？

5.简述利用生物信息学方法鉴定植物种质资源中特有基因或等位变异的基本思路。

三、论述题（每题15分，共30分）

1.论述生物信息学方法在评估濒危植物遗传风险、制定保护策略方面可以发挥的作用，并举例说明。

2.假设你需要利用生物信息学手段，比较分析三个地理上隔离的野生水稻（*Oryzasativa*L.ssp.spontanea）群体的遗传多样性。请设计一个详细的分析方案，包括数据获取、预处理、核心多样性分析方法和结果解读等内容。

四、分析计算/方案设计题（20分）

（本题为开放式方案设计题）

你是一名生物信息学分析师，被邀请参与一个旨在利用现代生物技术保护一个濒危药用植物项目的基因组学研究。该植物目前野生种群数量极少，分布区域狭窄，存在灭绝风险。项目目标是利用基因组学数据评估其遗传多样性现状，识别独特的遗传资源，并为其制定有效的保护策略（如种子库建设、迁地保护、辅