2025年大学《生物信息学》专业题库—— 生物信息学在基因表达分子单位取捕研究中的应用.docxVIP

2025年大学《生物信息学》专业题库——生物信息学在基因表达分子单位取捕研究中的应用

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、

简述“分子单位取捕”在基因表达研究中的含义及其重要性。请至少列举三个通过生物信息学手段研究分子单位的实例。

二、

比较RNA序列比对工具（如BLAST）与特定位点映射工具（如Bowtie/HISAT2）在RNA-Seq数据分析中的主要区别、适用场景及优缺点。

三、

阐述使用软件（如RNAfold）预测RNA二级结构的基本原理。在研究基因表达调控元件时，预测得到的RNA结构信息可能提供哪些线索？请结合具体例子说明。

四、

描述从原始RNA-Seq测序数据到定量不同转录本丰度的典型生物信息学分析流程。请说明在该流程中，数据类型可能发生哪些变化，以及每个步骤的关键目标。

五、

假设一项研究旨在利用生物信息学方法，识别并验证某基因在不同胁迫条件下的主要转录起始位点（TSS）。请设计一个详细的实验方案，包括需要使用的关键生物信息学工具、数据类型以及分析步骤。

六、

讨论机器学习或深度学习模型在预测基因表达调控元件（如启动子、增强子）或预测RNA结构方面的潜力。与基于物理化学参数的传统方法相比，这些方法的优势可能体现在哪些方面？也存在哪些潜在的局限性？

七、

以研究真核生物中蛋白质编码单元（CDS）的识别为例，说明生物信息学工具在“分子单位取捕”研究中的作用。请详细描述如何利用基因组特征、转录本序列信息以及可能的生物信息学工具来定位和确认CDS。

八、

假定向某物种数据库提交了一组新的RNA-Seq数据，并获得了初步的转录本组装结果。简述你会采取哪些生物信息学步骤来评估该转录本组装的质量？如果发现组装质量不高，可能的原因有哪些？你会如何尝试改进？

九、

结合当前研究进展，谈谈生物信息学在揭示非编码RNA（ncRNA）在基因表达调控中“分子单位”作用方面的贡献。请至少提及两种不同的ncRNA类型及其可能的研究策略。

十、

在利用生物信息学分析基因表达数据时，常需要进行差异表达分析。简述DESeq2或edgeR这类常用工具的基本原理。它们如何帮助研究者识别在不同条件下表达水平发生显著变化的“分子单位”（如基因、转录本）？

试卷答案

一、

“分子单位取捕”指利用实验或计算方法精确识别和分离基因表达的基本功能单元，如转录起始位点（TSS）、转录本、外显子、内含子、蛋白质编码单元（CDS）或RNA结构元件等。其重要性在于：1）精确定义基因的转录和翻译边界，有助于理解基因结构；2）识别调控基因表达的关键元件（如启动子、增强子、RNA结构），揭示表达调控机制；3）为基因组注释和功能基因组学研究提供精确的单位。实例：1）使用RACE（逆转录聚合酶链式反应）结合生物信息学分析识别TSS；2）通过RNA-Seq数据和比对工具注释基因结构和外显子；3）利用RNA结构预测软件研究剪接位点附近的调控元件或miRNA结合位点。

二、

主要区别在于：BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是通用序列比对工具，用于在大型数据库中寻找与查询序列相似的区域，不限于特定参考基因组，速度较慢但范围广；特定位点映射工具（如Bowtie,HISAT2）是为特定参考基因组优化的比对工具，速度快，准确性高，特别适用于RNA-Seq数据中数百万条短读长的精确比对到已知基因位置。适用场景：BLAST适用于物种间同源性搜索、基因组注释补充等；Bowtie/HISAT2适用于已知基因组下的RNA-Seq数据定量分析。优点：特定位点映射速度快、准确率高、内存占用相对较低。缺点：仅限于预设的参考基因组，无法发现基因组外的序列或新的转录本。

三、

RNAfold等软件预测RNA二级结构的基本原理是基于核苷酸碱基配对规则（A-U,G-C）和热力学参数（如自由能），通过动态规划算法搜索RNA单链序列中能形成稳定双链区域（茎）和单链区域（环）的最优组合，从而得到预测的二级结构图（如配对圆括号表示法）。在研究基因表达调控元件时，预测得到的RNA结构信息可能提供：1）识别潜在的调控元件，如茎环结构可能包含miRNA靶点或转录因子结合位点；2）分析剪接信号附近或调控区域的RNA结构变化，可能影响剪接效率；3）研究非编码RNA（ncRNA）的功能结构域。例如，预测某启动子区域附近的RNA结构，可能发现一个与转录起始调控相关的茎环结构。

四、

典型流程：1）数据质量控制（QC）：使用工具（如FastQC）评估原始数据质量，使用Trimmomatic/TrimGalore进行修剪过滤；2）序列比对（Mapping）：将修剪后的RNA读长比对到参考基因组或转录本集合，使用工具（如HISAT2,STA