转座元件起源的microRNA及其靶序列的进化探秘：模式、机制与生物意义.docxVIP

转座元件起源的microRNA及其靶序列的进化探秘：模式、机制与生物意义

一、绪论

1.1miRNA及其靶标位点研究概述

miRNA，即微小核糖核酸（microRNA），是一类长度在21-23个核苷酸左右的非编码单链小分子RNA，广泛存在于真核生物中。1993年，科学家在秀丽隐杆线虫中发现了第一个miRNA——lin-4，此后，miRNA的研究逐渐成为生物学领域的热点。截至目前，在人类中已发现数千种miRNA。其产生过程较为复杂，首先，基因组DNA转录生成初级miRNA（pri-miRNA），pri-miRNA在细胞核内由Drosha-DGCR8复合体加工，形成具有茎环结构的前体miRNA（pre-miRNA）；随后，pre-miRNA被转运至细胞质，在Dicer酶的作用下，切割成为成熟的miRNA。

miRNA主要通过与靶标mRNA的3非翻译区（3UTR）互补配对，从而发挥转录后调控基因表达的作用。当miRNA与靶标mRNA完全互补配对时，会导致靶标mRNA的降解；而当两者不完全互补配对时，则主要抑制靶标mRNA的翻译过程。这种调控方式参与了生物体内众多重要的生物学过程，如细胞增殖、分化、凋亡、发育以及疾病的发生发展等。例如，在细胞增殖过程中，某些miRNA可以通过调控相关基因的表达，促进或抑制细胞的增殖；在胚胎发育过程中，miRNA也起着关键的调控作用，影响胚胎的正常发育。

miRNA的靶标位点识别方式主要依赖于其种子序列（通常为miRNA5端的第2-8个核苷酸）与靶标mRNA3UTR上互补序列的配对。此外，靶标位点周围的序列特征、mRNA的二级结构以及细胞内的其他因子等，也会对miRNA与靶标位点的结合产生影响。关于miRNA的起源途径，目前主要存在两种假说：一种是miRNA起源于基因的内含子或非编码区域，在进化过程中逐渐获得了调控基因表达的功能；另一种假说认为，miRNA是由转座元件衍生而来，转座元件在基因组中的移动和重组，导致了miRNA的产生。这两种假说都有一定的证据支持，例如，研究发现某些miRNA与转座元件在序列上具有相似性，这为miRNA起源于转座元件的假说提供了一定的依据。

1.2转座元件研究进展

转座元件（TransposableElements，TEs），又称转座子，是一类能够在基因组中自主移动的DNA序列。它在1951年由BarbaraMcClintock在玉米中首次发现，这一发现颠覆了传统的基因固定位置的观念，为遗传学研究开辟了新的领域。转座元件的结构通常包含两端的重复序列以及中间的编码区域。两端的重复序列对于转座元件的识别、切割和整合至关重要，而中间的编码区域则可能编码与转座过程相关的酶，如转座酶等。

根据转座机制的不同，转座元件主要分为两类：DNA转座子和反转录转座子。DNA转座子通过“剪切-粘贴”的方式进行转座，即转座子从原来的位置被剪切下来，然后插入到基因组的其他位置；反转录转座子则以RNA为中间体，采用“复制-粘贴”的机制，先将自身DNA转录为RNA，再通过逆转录酶的作用将RNA逆转录为cDNA，最后整合到基因组的新位点。反转录转座子又可进一步细分为长末端重复序列（LTR）反转录转座子和非LTR反转录转座子。在人类基因组中，大约50%的序列来自转座元件的演化，这些转座元件在基因组的进化和功能调控中发挥着重要作用。

转座元件与基因调控密切相关。一方面，转座元件的插入可能会改变基因的结构和表达水平，例如，当转座元件插入到基因的启动子区域时，可能会影响转录因子与启动子的结合，从而调控基因的转录；当转座元件插入到基因的编码区时，则可能导致基因功能的丧失或改变。另一方面，转座元件自身也可以作为调控元件，参与基因表达的调控网络。研究表明，一些转座元件可以招募转录因子，促进或抑制附近基因的表达；还有一些转座元件可以通过影响染色质的结构和修饰，间接调控基因的表达。在癌症的发生发展过程中，转座元件的异常激活可能导致癌基因的表达异常，从而促进肿瘤的生长和转移。

目前，有许多资源可用于识别转座元件，如RepBase和Dfam等数据库。RepBase是一个较为全面的重复序列数据库，包含了各种生物的转座元件序列信息；Dfam则利用隐马尔可夫模型对转座元件进行注释和分类，能够更准确地识别转座元件。此外，一些生物信息学工具，如RepeatMasker、BLAST等，也常用于转座元件的识别和分析。RepeatMasker可以通过与数据库中的转座元件序列进行比对，识别基因组中的转座元件；BLAST则可以用于搜索相似