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基于BSA法的大豆全基因组株高QTL定位及候选基因解析

一、引言

1.1研究背景与意义

大豆（Glycinemax(L.)Merr.）作为全球重要的粮食和油料作物，在农业生产和人类生活中占据着举足轻重的地位。中国作为大豆的原产国，拥有悠久的种植历史，大豆不仅是传统的食用油和优质植物蛋白来源，还在食品加工、饲料生产等领域有着广泛应用。近年来，随着人们生活水平的提高以及畜牧业的快速发展，对大豆的需求量持续攀升，然而国内大豆产量却难以满足日益增长的需求，致使大豆进口量不断增加，这对我国的粮食安全构成了潜在威胁。因此，提高大豆产量已成为我国农业领域亟待解决的关键问题。

株高作为大豆的重要农艺性状之一，对大豆的产量和种植密度起着关键的调控作用。适宜的株高能够使大豆植株充分利用空间和光照资源，构建合理的群体结构，进而提高光合效率，增加产量。相关研究表明，在一定范围内，适当增加株高可以提高大豆的单株产量，但过高的株高则容易导致植株倒伏，影响产量和品质。此外，株高还与大豆的耐密性密切相关，耐密型大豆品种通常具有较为合理的株高，能够在较高的种植密度下保持良好的生长态势和产量水平。例如，有研究通过对不同株高的大豆品种进行种植密度试验，发现株高适中的品种在高密度种植条件下，其产量显著高于株高过高或过低的品种。因此，深入研究大豆株高的遗传机制，对于培育高产、耐密的大豆新品种具有重要的理论和实践意义。

传统的大豆育种方法主要依赖于表型选择，然而株高作为一种复杂的数量性状，受到多个基因的共同调控，同时还易受环境因素的影响，这使得传统育种方法在改良大豆株高性状时效率较低。随着分子生物学技术的飞速发展，利用分子标记辅助选择（MAS）技术进行大豆株高的遗传改良成为可能。其中，基于全基因组重测序的分离群体分组分析（BSA）方法，能够快速、准确地定位与目标性状相关的数量性状基因座（QTL），为挖掘控制大豆株高的关键基因提供了有力的技术支持。通过对大豆株高QTL的定位和候选基因的分析，可以深入了解大豆株高的遗传调控网络，为大豆分子育种提供重要的理论依据和基因资源。例如，通过BSA方法定位到的一些与株高相关的QTL，在后续的研究中被证实包含了一些参与植物激素信号转导、细胞伸长等生物学过程的关键基因，这些基因的克隆和功能验证为大豆株高的遗传改良提供了新的靶点。因此，利用BSA法定位大豆全基因组株高QTL及分析候选基因，对于加速大豆遗传改良进程，提高大豆产量和品质具有重要的现实意义。

1.2国内外研究现状

在国外，对大豆株高QTL定位的研究开展较早。例如，一些研究利用不同的大豆杂交组合构建遗传群体，通过SSR、SNP等分子标记技术，结合QTL定位软件，对大豆株高进行了定位分析。这些研究在多个连锁群上检测到了与株高相关的QTL，并对部分QTL的遗传效应进行了评估。同时，在候选基因分析方面，通过生物信息学方法和功能验证实验，筛选出了一些可能参与大豆株高调控的候选基因，如一些与植物激素合成和信号转导相关的基因。

国内的研究也取得了丰硕的成果。众多科研团队利用不同的遗传群体和定位方法，对大豆株高进行了深入研究。例如，有研究利用重组自交系（RIL）群体和染色体片段代换系（CSSL）群体，结合完备区间作图法（ICIM）和BSA重测序技术，对大豆株高进行QTL定位，不仅检测到了多个与株高相关的QTL，还通过整合分析，将一些QTL定位到更精确的区间内。在候选基因挖掘方面，国内研究人员通过基因注释、表达分析和功能验证等手段，鉴定出了一批与大豆株高相关的候选基因，为大豆株高的遗传改良提供了重要的基因资源。

然而，目前的研究仍存在一些不足之处。一方面，不同研究中定位到的株高QTL存在一定的差异，这可能是由于遗传群体、定位方法、环境因素等多种因素的影响，导致QTL定位结果的重复性和准确性有待提高。另一方面，对于已定位的QTL，其候选基因的功能验证工作还相对较少，许多候选基因的具体作用机制尚不清楚，这限制了对大豆株高遗传调控网络的深入理解。此外，在利用BSA法进行QTL定位时，还存在一些技术上的挑战，如测序深度的选择、SNPcalling的准确性等，这些问题都需要进一步的研究和改进。

1.3研究目标与内容

本研究旨在利用BSA法定位大豆株高QTL，并对候选基因进行分析，以期为大豆株高的遗传改良提供理论依据和基因资源。具体研究内容如下：

构建大豆遗传群体：选择具有显著株高差异的大豆品种作为亲本，进行杂交和自交，构建F2或F2:3等分离群体，为后续的QTL定位提供材料。

表型数据测定：在田间种植构建的遗传群体，对大豆株高进行连续多年、多点的测定，记录每个单株的株高数据，并进行统计分析，明