基于转录组分析的鱼源无乳链球菌毒力基因与sRNA的深度挖掘.docxVIP

基于转录组分析的鱼源无乳链球菌毒力基因与sRNA的深度挖掘

一、引言

1.1研究背景

水产养殖业作为全球粮食生产的重要组成部分，近年来发展迅速，为人类提供了丰富的蛋白质来源。然而，随着养殖规模的不断扩大和集约化程度的提高，各种病害问题日益凸显，严重制约了水产养殖业的可持续发展。其中，鱼源无乳链球菌（Streptococcusagalactiae）感染是导致鱼类大量死亡的重要原因之一，给水产养殖业带来了巨大的经济损失。例如，在我国南方的罗非鱼养殖产区，2022年因无乳链球菌感染导致的罗非鱼死亡率高达30%，直接经济损失超过数亿元。因此，深入研究鱼源无乳链球菌的致病机制，开发有效的防控措施，对于保障水产养殖业的健康发展具有重要意义。

转录组分析技术能够全面、快速地获取特定细胞或组织在某一状态下的所有转录本信息，为研究微生物的基因表达调控、代谢途径和致病机制等提供了有力的工具。通过转录组分析，可以揭示无乳链球菌在感染宿主过程中的基因表达变化，从而筛选出与毒力相关的关键基因，为进一步研究其致病机制奠定基础。毒力相关基因的筛选和研究对于深入了解无乳链球菌的致病机制至关重要。这些基因编码的蛋白或产物在细菌的黏附、侵袭、免疫逃逸等过程中发挥着关键作用，明确其功能和作用机制有助于开发针对性的防控策略。

非编码小RNA（smallnon-codingRNA，sRNA）是一类长度较短（通常小于500nt）的RNA分子，它们不编码蛋白质，但在细菌的基因表达调控、代谢调节、毒力调控等方面发挥着重要作用。对无乳链球菌sRNA的预测和研究，可以揭示其在致病过程中的调控网络，为防控该菌感染提供新的靶点和思路。本研究旨在通过转录组分析技术，对鱼源无乳链球菌进行全面的基因表达分析，筛选出毒力相关基因，并预测其sRNA，为深入了解无乳链球菌的致病机制和开发有效的防控措施提供理论依据。

1.2无乳链球菌研究概述

无乳链球菌，又称B族链球菌（GroupBStreptococcus，GBS），是一种革兰氏阳性球菌，呈单个、成双或短链状排列。在血琼脂平板上35℃培养18-24h，可形成灰白色、表面光滑、有乳光、圆形、狭窄β溶血环的菌落。无乳链球菌具有多种生物学特性，其细胞壁含有型特异性荚膜多糖抗原（S物质），根据该抗原可将其分为7个血清型，即Ⅰa、Ⅰb、Ⅰc、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅴ型，其中Ⅲ型毒力最强，可产生多种外毒素和溶组织酶，引起严重感染。该菌兼性厌氧，触酶试验阴性，精氨酸双水解酶、CAMP试验为阳性。

无乳链球菌是一种重要的人畜共患病原菌，不仅可感染人类，引起新生儿败血症、脑膜炎、肺炎，以及孕妇的败血症、子宫内膜炎、产褥感染等疾病，还能感染多种鱼类，如罗非鱼、黄颡鱼、黄鳍鲷等。在鱼类中，无乳链球菌的传播途径主要包括水体传播和水平传播。当鱼体生活在被无乳链球菌污染的水体中，细菌可通过鱼的鳃、皮肤等途径侵入鱼体；另外，患病鱼与健康鱼之间的直接接触也会导致细菌传播。例如，在高密度养殖的罗非鱼池塘中，一旦有鱼感染无乳链球菌，短时间内就会迅速传播，导致大量鱼发病死亡。

鱼源无乳链球菌感染会给鱼类带来严重危害。患病鱼通常会出现离群独游、间歇旋转或失去平衡等行为异常，眼圈充血，眼球突出混浊，腹腔肿胀，鳍条基部充血，肛门红肿出血等症状。解剖可见腹部有黄色或红色浑浊液体流出，肝、脾、肾肿大出血。这些症状严重影响了鱼的生长和生存，导致养殖鱼类的产量大幅下降，给养殖户带来巨大的经济损失。如2023年广东某罗非鱼养殖场，因无乳链球菌感染，造成超过50%的罗非鱼死亡，直接经济损失达数百万元。

1.3转录组分析技术及应用

转录组分析技术是指利用高通量测序技术对某一物种或特定细胞在某一功能状态下产生的所有转录本进行测序，从而全面获取基因表达信息的技术。其原理是首先提取样本中的总RNA，然后将mRNA逆转录成cDNA，构建cDNA文库，再利用高通量测序平台对文库进行测序，最后通过生物信息学分析对测序数据进行处理和解读，包括基因表达量计算、差异表达基因分析、基因功能注释、代谢通路分析等。

在微生物研究领域，转录组分析技术得到了广泛应用。例如，在对地中海拟无枝酸菌U32的研究中，通过转录组测序揭示了硝酸盐培养条件下利福霉素生物合成途径的转录水平变化，发现硝酸盐通过前体供应促进利福霉素生物合成酶途径，从而刺激利福霉素的产生。在保加利亚乳酸杆菌的转录组研究中，利用链特异性转录组测序探究了该菌株不同生长阶段的转录表达情况，发现基因表达与生长阶段呈高度相关性，并揭示了其具有高效的氮源利用系统。在土壤微生物研究中，通过转录组分析初步阐明了重金属镉胁迫下ZM05和ZM06降解DPrP的