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QuickreferenceguideonPLUMEDwithQuantum
ESPRESSO
ChangruMa
SISSA,Trieste
March30,2011
Contents
1Introduction2
1.1Overview...................................2
1.2Collectivevariab.............................3
2Step-by-stepmetadynamicscalculations4
2.1CompileQuantumESPRESSOwithPLUMEDplugin..........4
2.2RunningmetadynamicsinQuantumESPRESSO...........5
2.3Unitsintheinputandoutputfi....................5
2.4Postprocessing................................5
3Firstworkedexample:SN2reaction6
3.1SN2reactioninvacuum..........................6
3.2ChoiceofCVsandsimulationdetails...................6
3.3MetadynamicswithBorn-Oppenheimermoleculardynamics......7
3.3.1Freeenergyreconstruction13
4Secondworkedexample:H-H13
1简介
PLUMED[1]是分子系统中自由能计算的插件，它与一些最流行的分子动力学引擎配合
使用，包括经典（GROMACS、NAMD、DLPOLY、AMBER和LAMMPS）、
GPU加速（ACEMD）和ab‑initio（QuantumESPRESSO）代码。
自由能计算可以作为许多阶参数的函数来执行，特别关注使用最先进的方法
（例如元动力学[2],伞采样和基于Jarzynski方程的MD）的生物问题。
该软件采用ANSI
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