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基于CRISPR的微生物固碳途径重构与优化研究1

基于CRISPR的微生物固碳途径重构与优化研究

摘要

本研究旨在通过CRISPR基因编辑技术系统性地重构与优化微生物固碳途径，提

升微生物固碳效率，为碳中和目标提供技术支撑。报告首先分析了全球碳中和背景下微

生物固碳技术的重要性，指出当前微生物固碳效率低下的核心问题。基于CRISPRCas

系统的精准基因编辑能力，本研究设计了从基因编辑、代谢流调控到系统集成的完整技

术路线。通过理论建模与实验验证相结合的方法，计划构建高效固碳工程菌株，并建立

相应的评价体系。研究预期将获得35种固碳效率提升50%以上的工程菌株，发表高水

平论文58篇，申请专利35项。风险分析表明，技术风险可通过多方案备选和迭代优

化降低，管理风险通过建立完善的质量控制体系防范。本研究的成功将为生物固碳技术

的产业化应用奠定基础，助力国家”双碳”战略目标的实现。

引言与背景

全球碳中和背景下的生物固碳需求

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全球气候变化已成为世纪最严峻的环境挑战之一。根据政府间气候变化专门

委员会(IPCC)第六次评估报告年全球平均温度较工业化前水平已上升约

1.1°C，若不采取有力措施，预计本世纪末将上升2.13.5°C。在此背景下，全球已有超

过130个国家提出了碳中和目标，中国也于2020年提出”2030年前碳达峰、2060年前

碳中和”的战略目标。实现碳中和需要能源结构转型、节能减排和碳汇增加等多措并举，

其中生物固碳作为重要的负排放技术，具有不可替代的作用。

微生物固碳作为生物固碳的重要组成部分，具有繁殖快、适应性强、可基因工程改

造等优势。研究表明，微生物每年通过光合作用和化能合成固定约5060Pg碳，相当于

全球年碳排放量的56倍。然而，自然微生物的固碳效率普遍较低，Calvin循环的羧化

效率仅为35molCO/molATP，远低于理论最大值。因此，通过合成生物学手段改造

微生物固碳途径，提升固碳效率，已成为国际研究热点。

CRISPR技术在代谢工程中的应用现状

CRISPRCas系统作为革命性的基因编辑工具，自2012年被发现以来已广泛应用

于生命科学各个领域。与传统基因编辑技术相比，CRISPR系统具有操作简便、效率高、

成本低、可多重编辑等优势。在代谢工程领域，CRISPR技术已成功应用于多种微生物

的途径优化，如大肠杆菌中丙酮酸产量的提升、酿酒酵母中萜类化合物合成的调控等。

特别值得注意的是，CRISPR系统不仅可用于基因敲除和插入，还可通过CRISPRi

和CRISPRa实现基因表达的精细调控。这种能力对于固碳途径这种多基因、多步骤的

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复杂代谢网络尤为重要。目前，已有研究利用CRISPR技术对蓝细菌的Calvin循环进

行初步优化，将固碳效率提升了2030%，但仍有巨大提升空间。

研究意义与创新点

本研究的意义主要体现在三个方面：一是通过系统性的固碳途径重构，有望突破自

然固碳效率的瓶颈；二是建立基于CRISPR的微生物固碳优化技术体系，为其他代谢

工程研究提供参考；三是开发高效固碳工程菌株，为碳中和提供技术储备。

本研究的创新点包括：首次将CRISPR多重编辑与代谢流分析相结合，实现固碳

途径的系统性优化；开发适用于不同微生物的CRISPR编辑工具箱，拓宽技术应用范

围；建立固碳效率评价标准体系，为产业化应用提供依据。这些创新将推动微生物固碳

技术从实验室走向实际应用。

研究概述

研究目标与核心内容

本研究总体目标是开发基于CRISPR技术的微生物固碳途径优化方法，构建高效

固碳工程菌株。具体目标包括：1)解析35种典型微生物固碳途径的调控机制；2)建

立适用于固碳微生物的CRISPR编辑系统；3)实现固碳关键酶的定向进化与表达优化；

4)完成固碳途径的系统性重构与代谢流优化；5)获得固碳效率提升50%以上的工程菌

株35株。

核心研究内容包括四个方面：一是固碳途径关键酶的挖掘与改造，重点优化Ru-

bisco、PEPC等限速酶；二是固碳途径的模块化重构