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VBM8处理步骤

下载和安装

SPM8:

从SPM官方网站()下载SPM8及最新update包。把SPM8解压到要安装目录，同时把update包解压，并直接覆盖SPM8相关内容，完成更新。然后打开matlab,把spm8文件夹加入matlab路径目录，即完成安装。

VBM8:

从VBM官方网站(()下载压缩包，解压后放入spm8/toolbox下，即完成安装。

运行VBM8：

开启matlab

spmfmri

Spm8?toolbox?VBM8

VBM8分析步骤简明

【字体颜色说明：红色全部是我添加，其它颜色基础上全部是本文原有，另外我是按cat12这个工具包来补充，所以最好结合cat12英文使用说明一起看】

预处理

补充：【1、将要处理图像经过SPM中“Display”进行可视化后，点击显示页面左下方“SetOrigin”，然后点击这个按钮旁边“Reorient”按钮，并保留结果（不确定这个需不需要，还是不保留了，貌似没用）；

2、我先对TIW图像在SPM软件中进行Normalise(EstWri),两个输入图像地方全部输入这幅待处理图像（这步不确定）;将Boundingbox设置成“-90-126-72;9090108”,将Voxelsizes设置成“333”。这步会生成以w开头图像文件。】

把T1W标准化到MNIspace(这步没做),并分割出灰质(GM),白质(WM),脑积液(CSF).相关参数能够通“Estimateandwrite”模块来调整。

经过“VBM8Checkdataquality”菜单中“DisplayOnesliceforallimages”和“Checksamplehomogeneityusingcovariance”（这一步没成功，成功啦，不过不知道对不对）两个选项检验分割和标准化质量。

采取spm自带spm?smooth选项对预处理好组织图像进行平滑。

统计分析

经过SPM?Specify2ndLevel模块指定统计模型。

采取SPM?Estimate模块估量模型

采取SPM?Results模块定义contrast，观察结果。

VBM分析步骤具体描述

组织分割和标准化

VBM8?Estimateandwrite

Volumes?X:输入解剖图像，通常为T1W图像。因为在后续分割中，需要和MNI先验模板对齐，所以这里输入数据最好能和先验MNI模板方向大致相同。若图像和模板方向差异较大，能够使用SPMDisplay和CheckReg按钮进行手动调整。

EstimationOptions：使用默认参数即可。这里若不采取SPM自带组织先验模板TPM，则可选择自己定制模板。

ExtendedOptions：使用默认参数即可。若要尽可能清除非大脑组织，可更换“Cleanupanypartitions”为“ThoroughCleanup”。也能够尝试改变两类降噪方法权重，ORNLM最优权重是0.7。MRF权重不需要调整。当不使用某个降噪方法时，可直接把其权重设为0。

WritingOptions：使用默认参数即可。

默认“Modulatednormalized-nonlinearonly”：仅对非线性变换带来体积改变进行调制后图像，voxel值是经过brainsize校正后局部组织相对体积。

Abiascorrectedimagevolume：磁场不均匀性校正后图像。可使用期和不校正原始对象进行比较，验证图像质量。

Apartialvolumeeffect(PVE)labelimagevolume：该volume中值是对每个voxel局部容积效应估量。

Jacobiandeterminant：每个voxel值表示MNI模板上该位置变换到被试空间时，体积改变大小。

Deformationfields：非线性变换产生变形场。

File?SaveBatch：（这种步骤全部是可做可不做仿佛，反正我全部没有保留）

保留设置好batch,可保留成*.m或*.mat文件。

File?RunBatch:

运行设置好batch。输出wm*（在生成mri文件夹里面）是指biascorrectednormalizedvolumes，m0wrp1*（我这边生成是mwp1*文件，也是在mri文件夹里面）是modulatednormalizedgraymatter，m0wrp2（我这边生成是mwp2*文件，也是在mri文件夹里面）则是modulatednormalizedgraymatter。若标准化使用lowdimensiona