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草鱼基因组数据库构建及生长速度相关基因筛选与解析

一、引言

1.1研究背景与意义

草鱼（Ctenopharyngodonidella）作为我国“四大家鱼”之首，是全球养殖产量最大的淡水鱼类，在淡水渔业中占据着举足轻重的地位。2022年我国草鱼产量达584.41万吨，约占淡水养殖鱼类总产量的20.83%，其养殖范围广泛，北至黑龙江，南至海南，西至新疆都有草鱼养殖的身影。草鱼不仅是重要的经济鱼类，还在生态系统中扮演着关键角色，对维持水域生态平衡具有重要作用。

随着人们生活水平的提高，对草鱼品质和产量的要求也日益增加。传统的养殖方式和品种已难以满足市场需求，遗传改良成为提高草鱼养殖效益和品质的关键手段。基因组研究作为遗传改良的基础，能够深入揭示草鱼的遗传信息和生长发育调控机制，为草鱼的遗传改良提供理论支持和技术手段。通过构建草鱼基因组数据库，能够整合和管理草鱼的基因组数据，为后续的基因功能研究、分子标记开发等提供数据基础。筛选生长速度相关基因则可以为草鱼的分子标记辅助育种提供目标基因，加速优良品种的选育进程，提高草鱼的生长速度和养殖效益，从而推动草鱼养殖产业的可持续发展。

1.2国内外研究现状

在草鱼基因组测序方面，2015年中国科学院水生生物研究所、中国科学院国家基因研究中心、中山大学等机构的研究人员合作完成了草鱼基因组序列草图的绘制。该研究采用鸟枪法测序策略，分别对一尾雌性和一尾雄性草鱼进行了全基因组测序，通过改良的denovoPhusion-meta拼接，获得雌性（0.9GB）和雄性（1.07GB）草鱼基因组组装序列。基于草鱼多个组织的转录组数据和斑马鱼同源基因信息，在雌性基因组中注释了27,263个蛋白编码基因，完成了其中17,456个基因在草鱼染色体上的定位。这一成果为草鱼基因组研究奠定了重要基础。

在数据库构建方面，夏晓勤团队搭建了可视化的草鱼基因组数据库网站，包含草鱼全基因组分子标记数据库、表达谱数据、草鱼遗传连锁图谱以及和斑马鱼的共线性分析结果等。这些数据库为草鱼基因组数据的存储、查询和分析提供了便利，但目前的数据库仍存在数据不够完善、功能不够丰富等问题，需要进一步优化和拓展。

在生长相关基因筛选方面，国内外学者进行了大量研究。樊佳佳等根据草鱼（Ctenopharyngodonidella）EST-SNP库中预测的柠檬酸合酶基因的1个Contig序列，设计引物扩增该基因的部分序列，采用PCR产物直接测序法筛选SNP突变点，发现了与生长性状相关的双倍型。然而，目前对草鱼生长速度相关基因的研究仍不够深入，许多基因的功能和调控机制尚不清楚，需要进一步挖掘和研究。

1.3研究目标与内容

本研究旨在构建一个全面、准确的草鱼基因组数据库，并筛选出与生长速度相关的基因，为草鱼的遗传改良和养殖产业发展提供基础数据和理论支持。具体研究内容包括：

收集和整理已有的草鱼基因组数据，包括基因组测序数据、转录组数据、SNP数据等，并对数据进行质量评估和预处理。

利用生物信息学技术，构建草鱼基因组数据库，包括数据库的设计、搭建和维护，实现数据的存储、查询和分析功能。

通过全基因组关联分析（GWAS）、转录组分析等方法，筛选与草鱼生长速度相关的基因，并对这些基因进行功能注释和富集分析，揭示其在生长调控中的作用机制。

验证筛选出的生长速度相关基因的功能，通过基因编辑、过表达等技术手段，研究基因对草鱼生长速度的影响。

二、草鱼基因组数据库构建

2.1实验材料与方法

用于基因组测序的草鱼样本采集自长江流域的天然水域以及具有代表性的人工养殖场，涵盖了不同生长阶段、性别和地域的草鱼个体，以确保样本的遗传多样性和代表性。在组织选取方面，采集了草鱼的肌肉、肝脏、肾脏、心脏、脑等多个组织，这些组织在草鱼的生长发育、代谢调节等生理过程中发挥着关键作用，通过对多个组织的测序分析，能够更全面地获取草鱼的基因组信息。

在测序技术的选择上，采用了先进的高通量测序技术，如IlluminaHiSeq和PacBioRSII测序平台。IlluminaHiSeq平台具有高通量、高准确性的特点，能够产生大量的短读长序列，适合对基因组进行全面覆盖和精细分析；PacBioRSII测序平台则能够产生长读长序列，有效解决了基因组中高重复区域和复杂结构的测序难题，提高了基因组组装的完整性和准确性。同时，结合了10XGenomicsChromium系统和Hi-C技术，前者能够获取长片段的DNA信息，有助于构建高质量的基因组框架；后者则通过染色质构象捕获技术，确定基因组中DNA片段之间的空间相互作用关系，实现基因组序列在染色体水平上的挂载和定位。

2.2基因组测序与组装

测序策略