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生物信息分析师考试试卷
一、单项选择题(共10题,每题1分,共10分)
以下哪个数据库主要存储蛋白质三维结构信息?
A.NCBIGenBank
B.UniProt
C.PDB(ProteinDataBank)
D.Ensembl
答案:C
解析:PDB(蛋白质数据库)专门存储蛋白质、核酸等生物大分子的三维结构数据;A选项GenBank是核酸序列数据库;B选项UniProt是蛋白质序列与功能信息数据库;D选项Ensembl是基因组注释数据库。
FASTQ文件中第二行的“+”符号后通常跟随的内容是?
A.测序仪器编号
B.质量值序列
C.序列ID重复
D.测序通道信息
答案:C
解析:FASTQ格式中,四行结构为:①序列ID;②核酸序列;③“+”(可重复序列ID);④质量值序列(与第二行等长)。因此第二行后的“+”后通常是序列ID的重复(可选),而非质量值(质量值在第四行)。
进行RNA-seq差异表达分析时,常用的标准化方法是?
A.中位数标准化(Mediannormalization)
B.RPKM/FPKM
C.分位数标准化(Quantilenormalization)
D.主成分分析(PCA)
答案:B
解析:RNA-seq中常用RPKM(readsperkilobasepermillion)或FPKM(针对双端测序)校正基因长度和测序深度的影响;A是芯片数据常用方法;C用于多样本分布统一;D是降维分析工具,非标准化方法。
以下哪个工具用于基因组序列与参考基因组的比对?
A.BWA(Burrows-WheelerAligner)
B.GATK(GenomeAnalysisToolkit)
C.DESeq2
D.InterProScan
答案:A
解析:BWA是经典的短序列比对工具;B选项GATK用于变异检测与质控;C选项DESeq2用于RNA-seq差异表达分析;D选项InterProScan用于蛋白质功能域注释。
人类全外显子测序(WES)主要捕获的区域是?
A.启动子区域
B.编码区(外显子)
C.非编码RNA区域
D.端粒区域
答案:B
解析:WES通过探针捕获基因组中的外显子区域(约占1-2%),聚焦于蛋白质编码序列;其他选项均非WES主要目标区域。
以下哪种变异类型不属于SNP(单核苷酸多态性)?
A.C→T的单碱基替换
B.3个碱基的插入
C.G→A的单碱基替换
D.T→G的单碱基替换
答案:B
解析:SNP定义为单碱基位置的变异(替换),而插入/缺失(Indel)是长度≥1bp的序列增减,因此3个碱基的插入属于Indel,非SNP。
用于评估测序数据质量的关键指标“Q30”指的是?
A.质量值≥30的碱基占比
B.测序深度≥30×的区域比例
C.GC含量为30%的序列比例
D.比对率≥30%的reads比例
答案:A
解析:Q30表示质量值(Phredscore)≥30的碱基占总碱基的比例,质量值Q=-10log??(错误率),Q30对应错误率0.1%,是评估测序质量的核心指标。
以下哪个数据库提供基因功能富集分析(GO/KEGG)的工具?
A.NCBISRA
B.DAVID(DatabaseforAnnotation,VisualizationandIntegratedDiscovery)
C.dbSNP
D.1000GenomesProject
答案:B
解析:DAVID是经典的功能富集分析工具,支持GO、KEGG等数据库注释;A是测序数据存档库;C是SNP数据库;D是人类遗传变异数据库。
在ChIP-seq分析中,“peakcalling”的主要目的是?
A.识别转录因子结合位点
B.计算基因表达量
C.检测结构变异
D.评估测序深度
答案:A
解析:ChIP-seq通过免疫沉淀富集DNA-蛋白质复合物,peakcalling(峰识别)用于定位蛋白质(如转录因子、组蛋白修饰)在基因组上的结合位点。
以下哪种文件格式用于存储比对后的测序数据?
A.FASTA
B.FASTQ
C.BAM
D.VCF
答案:C
解析:BAM是SAM(SequenceAlignment/Map)的二进制压缩格式,用于存储比对后的测序数据;A是核酸/蛋白质序列格式;B是带质量值的原始测序数据;D是变异信息格式。
二、多项选择题(共10题,每题2分,共20分)(每题至少2个正确选项)
以下属于第二代测序(NGS)技术特点的是?
A.单分子测序,无需PCR扩增
B.高通量,单次运行产生Gb级数据
C.读长较短(50-300bp)
D.主要用于全基因组从头组装(Denovoassembly)
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