基于不平衡多标签学习抗菌肽识别方法研究.pdfVIP

生物信息学AdvanceAccess于发布

部分

用于识别抗菌肽及其功能类型的不平衡多学习

1,22

WeizhongLin和DongXu,*

1学院，景德镇陶瓷大学，景德镇，333406，，2计算机科学系及ChristopherS.Bond生

命，密苏里大学，哥伦比亚，MO，65211，。

*通讯作者地址。

副主编：约翰·汉考克博士

研究动机：随着对抗生素产生耐药性的迅速增加，迫切需要寻找新型治疗方法。近年来，抗菌

肽（AMPs）已被用作治疗的潜在替代方案。AMPs是免疫系统的关键组成部分，能够保护宿

主免受多种致病菌的。识别AMPs及其功能类型已大量研究，并开发出了多种基于机器学习的

预测工具。然而，目前仍有改进的空间；特别是，尚无预测工具考虑到不同功能类型的AMPs之间存在类

别不平衡的问题。

研究结果：本文设计了一种新的针对不平衡多数据集的合成少数类过采样技术，称为ML‑SMOTE，用

于处理并识别AMPs的功能。此外，我们还开发了一种新的多分类器MLAMP，该分类器结合了

ML‑SMOTE和灰色伪氨基酸组成方法。该分类器取得了0.4846的子集准确率和0.16的汉明损失。

可用性：MLAMP的用户友好型网页服务器建立在。

：linweizhong@jci.edu.cn或xudong@missouri.edu

寻常型（Popovic等人，2012）。Yancheva等人合成了一种新型

1引言双depsipeptide，其对五种测试大肠杆菌菌株中的四种表现出抗

菌活性（Yancheva等人，2012）。Conlon等人证明，于青蛙

随着抗生素耐药性的迅速增加，寻找新型治疗方法已迫在皮肤的具有抗菌活性的肽可以刺激胰岛素释放，因此在基于肠促胰岛

眉睫。在过去十年中，抗菌肽（AMPs）已被用作对抗的潜素的2型治疗中具有潜力（Conlon等人，2014）。此外，

在替代方案。AMPs是免疫系统的关键组成部分，可以保护宿AMPs还被用作抗癌肽用于治疗（Gaspar等人，2013）。

主免受各种病原菌的。在无脊椎动物和脊椎动物中，AMPs具

有两种作用：快速杀灭微生物以及随后的免疫调节（Wang，

2014）。这些作用是AMPs通过破坏细菌膜（Malmsten，2014）、抗菌肽（AMPs）研究的激增推动了各种数据库和预测工具的

抑制蛋白质、和RNA合成，或与某些细胞内靶标相互作用而发展。APD2（王等人，2009）是一个致力于建立抗菌肽术语表、

对细菌造成多重损伤的结果。因此，AMPs被越来越多地用于新药开命名规则、分类、信息检索、预测、设计和统计的系统。它从文献

发。已有AMPs在治疗中应用