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利用多尺度序列嵌入信息进行蛋白质互作关系建模的算法研究1

利用多尺度序列嵌入信息进行蛋白质互作关系建模的算法研

究

1.研究背景与意义

1.1蛋白质互作关系的重要性

蛋白质是生命活动的主要承担者，蛋白质之间的相互作用在生物体内各种生理过

程中起着关键作用。例如，在细胞信号传导通路中，蛋白质通过相互作用传递信号，调

控细胞的生长、分化和凋亡等过程。据研究，人体细胞内存在超过10万种不同的蛋白

质互作关系，这些互作关系构成了复杂的生物网络。准确地识别和建模蛋白质互作关系

对于理解生物系统的功能、疾病的发生机制以及药物研发具有重要意义。在疾病研究方

面，许多疾病的发生与蛋白质互作网络的异常有关。以癌症为例，癌细胞的增殖和转移

往往伴随着关键蛋白质互作关系的改变。通过研究蛋白质互作关系，可以发现潜在的疾

病标志物和药物靶点，为疾病的诊断和治疗提供新的思路。在药物研发中，了解药物分

子与蛋白质之间的相互作用以及蛋白质之间的互作关系有助于设计更有效的药物，提

高药物的特异性和疗效，减少副作用。

1.2多尺度序列嵌入信息的优势

蛋白质序列是其结构和功能的基础，包含了丰富的信息。传统的蛋白质互作关系建

模方法主要依赖于蛋白质的序列相似性或结构信息，但这些方法存在一定的局限性。近

年来，随着深度学习技术的发展，序列嵌入方法被引入到蛋白质研究中，为蛋白质互作

关系建模提供了新的思路。多尺度序列嵌入信息能够从不同层次和角度捕捉蛋白质序

列的特征。例如，在局部尺度上，可以提取氨基酸残基之间的短程相互作用信息，如氢

键、疏水作用等；在全局尺度上，可以捕捉蛋白质序列的整体结构特征和进化信息。通

过多尺度的嵌入，可以更全面地表征蛋白质序列的复杂性。与传统的序列特征提取方法

相比，多尺度序列嵌入信息具有更高的表达能力和区分度。研究表明，基于多尺度序列

嵌入的模型在蛋白质互作关系预测的准确率上比传统方法提高了10%-20%。此外，多

尺度序列嵌入信息还可以结合其他生物信息数据，如蛋白质结构域信息、基因表达数据

等，进一步提高建模的准确性和可靠性。这种多源数据融合的方法能够充分利用各种信

息的优势，弥补单一数据源的不足，为蛋白质互作关系建模提供更丰富的信息支持。

2.相关工作综述2

2.相关工作综述

2.1传统蛋白质互作关系建模方法

传统蛋白质互作关系建模方法主要包括基于序列相似性、蛋白质结构信息以及酵母

双杂交等实验方法。

•基于序列相似性的方法：这种方法通过比较蛋白质序列之间的相似性来推断它们

之间是否存在互作关系。例如，如果两个蛋白质的序列具有较高的相似性，它们

可能具有相似的功能和互作模式。然而，这种方法存在一定的局限性，因为序列

相似性并不总是意味着蛋白质之间存在互作关系。据研究，仅依靠序列相似性预

测蛋白质互作关系的准确率约为30%-40%。

•基于蛋白质结构信息的方法：蛋白质的三维结构对其互作关系具有重要影响。通

过分析蛋白质的结构域、结合位点等结构信息，可以预测蛋白质之间的互作关系。

例如，利用蛋白质结构模型来识别潜在的结合位点，并通过分子对接等技术模拟

蛋白质之间的结合过程。这种方法的准确率相对较高，可达50%-60%，但需要

高质量的蛋白质结构数据，且计算成本较高。

•酵母双杂交等实验方法：酵母双杂交是一种常用的实验方法，通过将两个蛋白质

分别与酵母的转录因子融合，观察它们是否能够激活下游报告基因的表达来判断

它们之间是否存在互作关系。这种方法可以直接检测蛋白质之间的互作，但存在

假阳性和假阴性的问题。据统计，酵母双杂交实验的假阳性率可达20%-30%，假

阴性率约为10%-20%。

2.2基于序列嵌入的蛋白质互作关系建模研究进展

近年来，随着深度学习技术的发展，基于序列嵌入的蛋白质互作关系建模方法逐渐

兴起，并取得了显著的研究进展。

•早期序列嵌入方法：早期的序列嵌入方法主要利用简单的神经网络模型