中国部分地区韦太夫雷登沙门菌耐药性调查与基因组学分析.pdfVIP

浙江大学硕士学位论文摘要

摘要

沙门菌是一种全球广泛分布的食源性病原菌，一般感染能导致肠炎和侵袭性相

关疾病。作为一种常见的人兽共患病原，沙门菌已成为全球食品安全和公共卫生

领域的重要威胁之一。沙门菌属由肠道沙门菌（Salmonellaenterica）和邦戈尔沙

门菌（Salmonellabongori）组成，大约包含2600种不同的血清型。其中沙门菌肠道

种血清型韦太夫雷登（Salmonellaenterica.subsp.entericaserovarWeltevreden，以

下简称S.Weltevreden），被认为是源于印度的一种血清型。此前研究发现S.

Weltevreden长期分布和流行于亚洲部分区域（东南亚等），由于其在水体中具有

较强的持续存活能力，S.Weltevreden在海产品中不断被检出，是导致东南亚沿海

地区人肠炎性疾病的首要病因之一。S.Weltevreden可能通过洋流等多种传播途径

持续流行并传播输入其他国家。近年来，S.Weltevreden在家禽中也不断被报道。

目前有研究报道，S.Weltevreden在中国南部沿海呈现地区性流行趋势，在海产品

和家禽中均被发现。因而，系统的开展S.Weltevreden的研究具有重要兽医公共学

意义。

此外，由于抗菌药物在全球范围广泛使用，临床医学和禽畜养殖领域都出现

了严重的细菌耐药问题。值得关注的是，多重耐药沙门菌，特别是耐碳青霉烯类

和耐多粘菌素沙门菌不断被检出，可能导致将来出现无药可用的“尴尬”困局。因此，

开展沙门菌的耐药性调查，并探索其主要的耐药相关基因的流行分布变得十分重

要。尽管S.Weltevreden被报道为国内常见的非伤寒沙门菌血清型（主要疾病为肠

道疾病），但是，有关S.Weltevreden在中国的流行病学相关研究仍然十分有限，

尤其缺乏动物源相关菌株与人源菌株的关联性研究。此外，利用全基因组手段研

究沙门菌等食源性病原，在中国仍处于起始阶段。因此，本研究通过系统收集我

国主要沿海地区S.Weltevreden分离株，比较研究不同来源和时间段的流行分布规

律和耐药现状。本研究进一步通过全基因组测序和生物信息学分析，开展中国分

离株耐药表型和耐药基因型的相关性研究，并探索S.Weltevreden分离株在我国流

行的优势基因型、质粒型、耐药基因和毒力相关基因等。

本研究纳入了1999~2020年期间从上海市、浙江省、广东省、广西省、山东省

等五个地区收集到的人源、动物来源、环境来源、水产来源共170株S.Weltevreden

菌株，并对全部S.Weltevreden分离菌株测定针对14种抗菌药物的最小抑菌浓度

（MIC）。研究发现，所有的菌株中，耐药率最高的抗生素是磺胺甲噁唑81.8%

II

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（139/170），其次是四环素20%（34/170）、头孢曲松19.4%（33/170）。此外，

有17%（29/170）菌株存在多重耐药的现象。值得关注的是，有两株人来源菌株检

测携带多粘菌素耐药基因mcr-1.1。流行病学数据显示，在这二十多年的时间内，

S.Weltevreden分离株的数量呈现显著增加，同时，耐药菌株和多重耐药菌株的比

例也呈明显的上升趋势。通过Illumina二代测序技术，我们对170株S.Weltevreden

菌株进行全基因组测序，并进行生物信息学分析，包括血清型预测、多序列位点

序列分析、抗菌药物耐药基因检测、质粒型检测、毒力基因相关基因分析。我们

发现，所有菌株的基因型（sequencetype,ST）均为ST365，最常见的耐药基因和

耐药质粒分别是aph(3)-Ib和IncFII(S)。值得关注的是，部分型别的S.Weltevreden

菌株携带一种重要的毒素基因cdtB。我们发现S.Weltevreden中国分离株包含5个

cluster、遗传多样性丰富。并发现耐药相关基因、质粒型与不同cluster呈现一定的

相关性。同时，我们进一步研究S.Weltevreden的生物学特征，包括其生物被膜形

成能力，运动迁移能力和毒力研究，发