荷斯坦牛分子育种低密度10K功能芯片设计规范.pdfVIP

ICS65.020.30

CCSB40

NXSLX

宁夏饲料工业协会团体标准

T/NXSLX0606—2025

荷斯坦牛分子育种

低密度10K功能芯片设计规范

NingxiaHolsteinCattleMolecularBreeding-SpecificationforDesignof

Low-Density10KFunctionalChip

2025-11-13发布2025-12-13实施

宁夏饲料工业协会  发布

T/NXSLX0606—2025

前言

本文件按照GB/T1.1—2020《标准化工作导则第1部分：标准化文件的结构和起草规则》的规定

起草。

本文件的发布机构对文件内容涉及的技术方法不承担商业应用的专利担保责任。

本文件由宁夏大学提出。

本文件由宁夏饲料工业协会归口。

本文件起草单位：宁夏大学、宁夏回族自治区畜牧工作站、中国农业大学、扬州大学。

本文件主要起草人：张娟、田小花、陈亮、田佳、王华、陈丝雨、姬小云、马丽琴、侯丽娥、周佳

敏、张毅、毛永江、卢徐斌。

I

T/NXSLX0606—2025

荷斯坦牛分子育种

低密度10K功能芯片设计规范

1范围

本标准规定了荷斯坦牛分子育种低密度10K功能芯片（以下简称“10K功能芯片”）的术语和定义、

设计流程、质量要求与检验及应用要求。

本标准适用于荷斯坦牛分子育种领域中，低密度10K功能芯片的设计、开发及相关质量控制过程；

畜禽分子育种低密度功能芯片设计可参照本标准执行。

2规范性引用文件

下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。其中，注日期的引用文件，

仅该日期对应的版本适用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本

文件。

GB/T40184畜禽基因组选择育种技术规程

3术语和定义

下列术语和定义适用于本文件。

低密度10K功能芯片（Low-density10Kfunctionalchip）

专用于荷斯坦牛分子育种，包含约10000个关键遗传位点（以SNP为主，含少量INDEL和目标区段），

是基于液相探针捕获技术开发的低成本、高准确性分子育种检测芯片。

SNP：指在基因组水平上由单个核苷酸变异引起的DNA序列多态性。

INDEL：指在DNA序列中，相对于一个参考序列，发生的小片段的插入或缺失变异。

4设计流程

目标位点初步筛选

4.1.1基础数据来源

以覆盖目标群体遗传多样性的高密度芯片基因型数据为核心基础数据，数据需符GB/T40184中基因

型测定环节的DNA质量及数据完整性要求，即基因型数据完整率≥98%。

4.1.2核心SNP位点筛选

采用基于信息量与分布均匀性的算法，从基础数据中筛选出约9000个核心SNP位点，并对其重复性、

唯一性进行校验，剔除冗余位点。

4.1.3重要遗传功能位点补充

在核心SNP位点基础上，需补充收集约1000个与产奶、抗病、繁殖等关键经济性状及品种鉴别、适

应性、遗传健康等品种特异性相关的已知功能位点，共同构成约为10000个位点的初步目标位点集。

探针设计及合成

4.2.1位点核对

将初步目标位点集提