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2025年第61卷第08期科学技术

ScienceandTechnology·

大白猪全基因组ROH检测与分析

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刘亚茹，孙超，于光辉，王源

（1.青岛农业大学动物科技学院，山东青岛266109；2.济南市章丘区畜牧兽医事业发展中心，山东济南250200）

摘要：为研究人工选育背景下大白猪群体的近交情况和鉴定与经济性状相关的功能基因，本研究采用猪

80KSNP芯片对323头大白猪进行基因分型，检测长纯合片段（RunsofHomozygosity，ROH）的长度、数

量及分布，计算基于ROH的个体近交系数，并鉴定高频ROH区域的功能基因。结果显示，共检测到24652

个ROH，平均长度为5.91Mb，个体平均近交系数为0.202。在大白猪群体中检测到11个高频ROH区域，

分布在1、4、6、9及18号染色体上。将高频ROH区域与Ensembl数据库比对，鉴定到313个基因，其中，

PTN、BCL2、PHPP1基因与生长发育相关；SETDB1、PMAIP1基因与繁殖相关；TNFAIP8L2、PSMB4基

因与免疫相关。将高频ROH区域与猪QTL数据库进行对比，共得到656个重叠QTL，涉及肉质、生产、繁

殖以及健康等性状。本研究结果揭示了目标群体的近交情况，并为大白猪生产性能和抗病力的提高提供了参

考依据。

关键词：大白猪；长纯合片段；近交系数；功能基因

中图分类号S828.2文献标识码ADOI编号10.19556/j.0258-703310

：：：

大白猪因其生长速度快瘦肉率高和胴体产量高等选择特征和估计近交的有效方法强调了ROH在鉴别

、，

综合优势在规模化养猪生产中占据核心地位[1]然而猪的潜在足迹显示其品种特异性特征或有利表型方

，。，、

在高强度定向选育的过程中近交衰退现象逐渐显现面的作用Shi等[8]对大白猪群体进行了ROH分析，

，，。

基因组中单倍型的多样性降低被选择位点周围的纯合鉴定到与大白猪繁殖性能脂肪沉积肌肉发育相关

、、、

性增加导致选育的瘦肉型群体中出现生产性能下降的功能基因Paola等[9]发现卢卡诺黑猪14号染色体

，、。

近交系数增高等现象[2]基因组中累积的纯合基因型上保守的高频ROH区域与影响胸椎数量乳头数量

。、、

连续片段可通过长纯合片段RunsofHomozygosity青春期年龄和平均血小板体积等性状的遗传标记重叠。

（，

ROH进行检测它是通过亲代将相同的单倍型遗传给Gorssen等[10]在西西里黑猪中发现了位于81114

），