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通过多任务学习模型整合蛋白质功能注释信息进行PPI精准预测1

通过多任务学习模型整合蛋白质功能注释信息进行PPI精

准预测

1.研究背景与意义

1.1蛋白质功能注释现状

蛋白质功能注释是理解蛋白质在生物体内作用的关键环节。目前，蛋白质功能注释

主要依赖于实验方法和生物信息学方法。实验方法虽然准确，但成本高、耗时长，难以

大规模应用。生物信息学方法则通过计算手段对蛋白质序列或结构进行分析，预测其功

能。据估计，目前约有60%的蛋白质功能注释是通过生物信息学方法获得的，但这些

方法的准确率仍有待提高。例如，基于序列相似性的功能注释方法在面对进化距离较远

的蛋白质时，准确率会显著下降，仅为50%左右。此外，现有的功能注释数据库，如

GeneOntology（GO）数据库，虽然提供了丰富的功能注释信息，但这些信息往往是分

散的、不完整的，缺乏系统的整合。这使得研究人员在进行蛋白质功能研究时，需要花

费大量时间和精力去筛选和验证相关信息。

1.2PPI预测的重要性

蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）是细胞内各种生物过程的基础，包括信号转导、代

谢调控和细胞周期控制等。准确预测PPI对于理解细胞功能和疾病机制至关重要。传

统的PPI实验鉴定方法，如酵母双杂交法和亲和纯化法，虽然能够发现许多PPI，但

存在假阳性率高、覆盖范围有限等问题。近年来，随着生物信息学的发展，基于计算的

方法逐渐成为PPI预测的重要手段。目前，基于机器学习的PPI预测方法在准确率上

已取得了一定进展，但仍有提升空间。例如，一些基于单一特征的机器学习模型在预测

PPI时，准确率仅能达到70%左右。此外，随着蛋白质组学数据的不断积累，如何整合

多源数据以提高PPI预测的准确性和可靠性，成为当前研究的热点问题。据研究，整

合多种数据源（如蛋白质序列、结构和功能注释信息）的PPI预测方法，其准确率比单

一数据源方法平均高出15%以上。因此，通过多任务学习模型整合蛋白质功能注释信

息进行PPI精准预测，不仅能够提高预测的准确性和效率，还能为生物医学研究提供

更有力的工具，推动疾病诊断、治疗和药物研发等领域的发展。

2.多任务学习模型概述2

2.多任务学习模型概述

2.1多任务学习原理

多任务学习是一种机器学习方法，其核心思想是通过同时学习多个相关任务，共享

信息并提高每个任务的性能。在蛋白质功能注释和PPI预测的场景中，多任务学习能

够将蛋白质的功能注释任务与PPI预测任务结合起来，利用蛋白质功能注释信息来辅

助PPI预测，同时通过PPI预测结果反向验证和优化功能注释，从而实现两个任务的

协同提升。

•任务相关性：蛋白质的功能注释信息与PPI预测之间存在天然的相关性。蛋白质

的功能注释可以为PPI预测提供先验知识，例如，具有相似功能的蛋白质更有可

能发生相互作用。同时，PPI预测的结果可以为功能注释提供新的线索，例如，通

过分析相互作用的蛋白质对，可以推断出未知功能的蛋白质可能具有与已知功能

蛋白质相似的功能。

•信息共享机制：多任务学习模型通过共享底层的特征表示和模型参数，实现不同

任务之间的信息共享。在蛋白质功能注释和PPI预测的多任务学习模型中，模型

可以学习到蛋白质的通用特征表示，这些特征既适用于功能注释任务，也适用于

PPI预测任务。例如，蛋白质的序列特征、结构特征和功能注释信息可以被编码

为一个共享的特征向量，然后通过不同的任务特定层进行处理，分别用于功能注

释和PPI预测。

•优化目标：多任务学习模型的优化目标是同时最小化多个任务的损失函数。在蛋

白质功能注释和PPI预测的多任务学习模型中，损失函数通常包括功能注释任务

的分类损失和PPI预测任务的二分类损失。通过联合优化这两个损失函数，模型

可以找到一个最优的参数配置，使得两个任务的性能都得到提升。

2.2模型架构与优势

多任务学习模型在