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第八章模式生物基因组

第八章模式生物基因组

本章内容

一、模式生物：概念、特点二、模式生物基因组计划：缘起、进展三、模式生物基因组研究技术四、家蚕的模式生物化

第一节（一）概念

模式生物

早在20世纪最初的20年中，甚至更早以前，人们就发现，如果把关注的焦点集中在相对简单的生物上，则发育的现象难题可以得到部分解答。因为这些生物的细胞数量更少，分布相对单一，变化也较好观察。由于进化的原因，细胞生命在发育的基本模式方面具有相当大的同一性，故利用位于生物复杂性阶梯较低级位置上的物种来研究发育共通规律是可能的。尤其是当在有不同发育特点的生物中发现共同形态形成和变化特征时，发育的普遍原理也就得以建立。

生物学家为了研究的方便和可行，选用的一些特定的物种或者有别于研究主体的生物。对这些生物的研究能够帮助我们理解生命世界一般规律的意义，故称之为“模式生物”。

原始生命

（二）特点

[酿酒酵母]Saccharomycescevevisiae真核生物中的“大肠杆菌”，研究真核生物生命现象的首选工具基因组大小：15Mb；6000个基因特点:1)最简单的真核单细胞生物,可在基本培养基上生长,生长可完全控制2)在单倍体和二倍体的状态下均可生长,可在实验条件下控制单倍体和二倍体之间的相互转换,这对其基因功能研究十分有利3)近31%编码蛋白质的基因或ORF与哺乳动物编码蛋白质的基因高度同源

[秀丽隐杆线虫]nematode,Caenorhaditiselegans主要用于发育研究；RNAi基因组大小：100Mb；1.9万个基因特点:1)通身透明,长不过1mm2)身体中所有细胞能被逐个盘点并各归其类3)生命周期短(3.5d),可不间断观察并追踪每个细胞的演变4)把线虫浸泡到含有核酸的溶液中可实现基因导入

幼虫:556个体细胞2个原始生殖细胞成虫:959个体细胞2000个生殖细胞

[黑腹果蝇]fruitfly,Drosophilamelanogaster主要用于遗传和发育研究基因组大小：117Mb；1.3万个基因特点:繁殖迅速(7-10d),饲养简单,观测容易,易于进行基因敲除和定位等

[斑马鱼]zebrafish脊椎动物中的“果蝇”基因组大小：1500Mb；特点:1)个体小,繁殖力强,生长速度快,体外受精和发育,胚胎透明,易养殖2)内脏器官、血液、神经中枢和视觉系统在分子水平上与人类相似程度达85%

[小鼠]mouse生物医学研究中广泛使用的模式生物基因组大小：3000Mb；3万个基因17世纪开始用于解剖学和动物实验,是当今研究最详尽的哺乳类实验动物.80％的基因与人类基因相同/同源。

生活周期短,遗传背景清楚,易于培养和繁殖容易进行实验操作,特别是遗传学分析生理特征能够代表生物界的某一大类群基因组相对于人的基因组小、结构简单

第二节

模式生物基因组计划

（一）缘起

（1）美国“肿瘤计划”的搁浅（2）科学家的胆略

诺奖获得者杜伯克1986年3月发表于《Science》的短文《肿瘤研究的转折点：人类基因组测序》中指出：“如果我们想更多地了解肿瘤，我们从现在起必须关注细胞的基因组。……从哪个物种着手努力？如果我们想理解人类肿瘤，那就应从人类开始……。人类肿瘤研究将因对DNA的详细知识而得到巨大推动。”

HGP的历史回顾

1984.12犹他州阿尔塔组织会议，初步研讨测定人类整个基因组DNA序列的意义1986杜伯克在《Science》撰文“肿瘤研究的转折点:人类基因组的测序”美国能源部(DOE)提出“人类基因组计划”草案1987美国能源部和国家卫生研究院（NIH）联合为“人类基因组计划”下拨启动经费约550万美元1989美国成立“国家人类基因组研究中心”，Watson担任第一任主任1990.10经美国国会批准，人类基因组计划正式启动

JamesWatson

WalterGilbert

HGP的最初目标：

通过国际合作，用15年时间(1990～2005)至少投入$30亿构建详细的人类基因组遗传图和物理图；确定人类DNA的全部核苷酸序列；对其它生物进行类似研究。

0.7cM或kb

遗传图谱转录图谱

物理图谱

序列图谱

100kbSTSmap

模式生物基因组计划：HGP的重要组成部分和必要补充

由于人类对自身理解的限制、实验的限制和伦理学的制约，医学、生物学的研究在很大程度上依赖于对一些模式生物的研究。在研究人类基因组的同时，平行地进行一些微生物、植物、动物等模式生物基因组的研究，可为人类基因组研究做方法学和组织工作的准备：

将从模式生物中得到的数据和资料与人类基因组比较，