基于生物信息学技术分析脑出血的关键基因及实验验证.pdfVIP

浙江医学2025年第47卷第6期

●论著

基于生物信息学技术分析脑出血的

关键基因及实验验证

陈潘迪董倩汪浩李甲葛韬冯宽陈茂送陈伟

【摘要】目的探讨脑出血发生进展过程中的关键基因及信号通路。方法从GEO数据库获取脑出血基因信息，并使用

R语言进行分析。筛选出脑出血样本和正常样本的差异表达基因（DEGs），采用基因本体论（GO）富集分析和京都基因和基因组

数据库（KEGG）通路分析，并进行基因集富集分析（GSEA）和基因集变异分析（GSVA），构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络并

筛选出核心基因（Hub基因）。构建脑出血大鼠模型，同时取脑出血组大鼠的出血区附近脑组织和对照组大鼠0.9%氯化钠注射液

对照注射区附近的脑组织进行实验，对排名前4的Hub基因表达水平进行实时荧光定量逆转录聚合酶链反应（qRT-PCR）验证。

结果共筛选出177个DEGs，其中137个表达上调，40个表达下调，GO富集分析显示最主要的生物学功能包括白细胞迁移、趋

化性、趋性、白细胞趋化性等，KEGG通路分析显示主要的通路包括细胞因子间受体互相作用、病毒蛋白与细胞因子及受体间相互

作用、疟疾、类风湿性关节炎、军团菌病等。GSEA显示脑出血数据集的基因显著富集在白细胞介素（IL）-18信号通路、转化生长

因子-β（TGF-β）受体信号通路、肿瘤蛋白53（TP53）通路、Janus激酶（Jak）-信号转导及转录激活因子（STAT）信号通路、丝裂原

活化蛋白激酶（MAPK）6和MAPK4信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）-蛋白激酶B（AKT）信号通路等生物学相关功能和信号通

路。GSVA显示活性氧物种途径、未折叠蛋白反应、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白1（mTORC1）信号通路、IL-2/STAT5信号通路、炎症

反应、凋亡、IL-6/Jak-STAT3信号通路、TGF-β信号通路等通路在脑出血中差异有统计学意义（均P＜0.05）。Hub基因关联程度

从高到低依次为IL-6、CCL2、IL-1β、CXCL8、CXCL1、CXCR4、ITGAM、TLR2、VCAM1、CD163。qRT-PCR实验证实，与对照组大

鼠相比较，IL-6、CCL2、IL-1β、CXCL8的mRNA表达水平在脑出血组大鼠出血区附近的脑组织中明显上调（均P＜0.05）。结

论脑出血发生发展中的关键基因为IL-6、CCL2、IL-1β、CXCL8，主要信号通路包括炎症反应、Jak-STAT信号通路、TGF-β信号

通路等。

【关键词】脑出血；生物信息学；关键基因；信号通路；动物实验

Bioinformatics-basedidentificationofkeygenesinintracerebralhemorrhageandexperimentalvalidation

CHENPandi,DONGQian,WANGHao,LIJia,GETao,FENGKuan,CHENMaosong,CHENWei

First-authorsaddress:DepartmentofNeurosurgery,theAffiliatedLihuiliHospitalofNingboUniversity,Ningbo315040,China

Correspondingauthor:CHENWei,E-mail:lhlchenwei@

【Abstract】ObjectiveToinvestigatethekeygenesandsignalingpathwaysinvolvedintheprogressionof

intracerebralhemorrhage(ICH).MethodsGeneexpressionprofilesrelatedtoICHwereretrievedfromtheGeneExpression

Omnibus(GEO)database.ThedatawereanalyzedbyusingRprogrammingtoselectdifferentiallyexpressedgenes(DEGs)

betweenICHsamplesandnormalsamples.GeneOntology(GO)enrichmentanalysisandKyotoEncyclopediaofGenesand

Genomes(KEGG)pathwayanalysiswere