Molekel静电势填色等值面图绘制方法与事项.pdfVIP

思想家公社的门口一量化“分子模拟”二次元

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[]谈谈Molekel做静电势填色等值面图的方法

及误区

2011-08-0213:57

注：阅读此文不要断章取义。要读就全读完，要么别读。

谈谈Molekel做静电势填色等值面图的方法及误

区

文/SoberevaFirstrelease:2011-Aug-2

1前言

研究分子静电势(MEP)的时候通常研究的是它在分子表面（一般取电子密度

为0.001的等值面）上的数值分布，最直观的方法是绘制填色等值面图进行分析。

这种图可以通过很多软件绘制，比如GaussView、ChemCraft、VMD等等，它们都

需要载入两套格点数据（一般为cub格式），分别描述整个空间的静电势和电

子密度分布。Molekel4.x版也能做到，而且有独特的优势，就是能让色彩刻度离散

化，并且每种色彩过渡区域都能显示黑线，类似于填色等值面图上再加上等值线，

这使得分析更容易定量化。然而Molekel4.x程序本身的界面设计得极差，所以有

必要专门介绍下做法。另外，Molekel程序本身

可以计算分子静电势，而且速度很快，看似十分方便，但实际上这是通过Mulliken

电荷计算的，这样得到的静电势有严重的误导性，我认为很有必要进行澄清。

由于Molekel4.x版本已经很老了，目前的Molekel5.x版本的界面与之相比有了很

大变化，所以本文先顺便说说用Molekel5.x做填色等值面图的方法。遗憾的是，

5.x版本的代码完全重写了，已不支持色彩刻度离散化，所以不能替代4.x。

如果想作出更好、信息更丰富的静电势填色等值面图，且不怕，建议参考此文：

《使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布》

（）

2用Molekel5.4绘制由Mulliken原子电荷产生的

静电势填色等值面图

Molekel目前版本是5.4，在这里。

先在Gaussian03里计算一个分子（比如算单点能），计算的时候必须加上

gfoldprintpop=full，这样才会输出足够的信息令Molekel能够计算电子密度。

然后在Molekel里选择打开文件，文件类型选择g03output，然后选刚才得到的

G03输出文件。分子载入后，选Surfaces-ElectronDensity，把DensityMatrix（这里

实际上就是指电子密度）和MapMolecularElectrostaticPotential都打上勾，

IsosurfaceValue输入0.001。BoundingBox里面x,y,z代表的是格点范围的，

dx,dy,dz是往相应方向延展的距离，将之调大以避免等值面被截断，调整的时候注

意3D窗口中的虚线框，它描述的是格点数据的范围。都设好后，点Generate就生

成了填色等值面图。如果想把背景调为白色，选Disy-Background，然后设成白

色。如果想把分子周围的方框去掉，选Disy-HideBoundingBoxes。如果想显示

色彩刻度条，选Disy-ShowMEPScalarBar，可以用鼠标拖动色彩刻度条移动之。

若想让等值面变得透明，可以再次选Surfaces-ElectronDensity，点Transparency，

把DensityMatrix的数值调大点。

最终得到的图像如下（双氧水）

3用Molekel4.3绘制由Mulliken原子电荷产生的色彩刻度离散的静电势填色等值面

图

4.x版在Molekel上已不