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分子对接技术试卷及答案

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、选择题（每题2分，共20分。请选择最符合题意的选项。）

1.分子对接技术主要解决的是以下哪个问题？

A.探究分子内部原子间的振动模式

B.预测分子的光学活性

C.预测分子与靶点蛋白质的结合模式和亲和力

D.计算分子的绝对构型

2.在分子对接的能量计算中，通常需要考虑的相互作用力项不包括：

A.范德华力

B.静电力

C.共价键键能

D.氢键

3.以下哪种算法属于基于模板的搜索方法？

A.遗传算法

B.模拟退火算法

C.逐核对接（Grid-basedmethodslikeGlide）

D.随机搜索算法

4.分子对接过程中，对接体的准备通常不包括以下哪项工作？

A.构建或获取低能量构象

B.添加氢原子

C.去除电荷

D.赋予化合物的原子类型

5.下列哪个软件套件是Schrodinger公司开发的，包含Glide等对接模块？

A.MOE

B.DiscoveryStudio

C.Schr?dingerSuite

D.OpenBabel

6.能量评分函数是分子对接中的核心部分，其目的是：

A.优化分子的三维结构

B.计算分子间的距离

C.预测结合自由能（ΔG）

D.指导配体分子的构象生成

7.在对接结果的分析中，评价结合位点的几何匹配度常用的指标是：

A.RMSD（均方根偏差）

B.DoF（旋转自由度）

C.EScore

D.HydrogenBondCount

8.影响分子对接精度的主要因素之一是：

A.靶点蛋白质结构的分辨率

B.对接软件的价格

C.计算机的内存大小

D.教师的职称

9.分子对接得到的复合物，其结合模式通常需要通过以下哪种实验技术进行验证？

A.核磁共振（NMR）

B.拉曼光谱

C.质谱（MS）

D.紫外-可见光谱（UV-Vis）

10.所谓的“虚拟筛选”，在分子对接的语境下指的是：

A.对大量已知化合物进行实验筛选

B.利用计算机对化合物库进行高通量对接，筛选出潜在活性分子

C.对筛选出的分子进行核磁共振测定

D.对靶点蛋白质进行晶体结构解析

二、填空题（每题2分，共20分。请将答案填写在横线上。）

1.分子对接通常需要先对______进行能量最小化，以消除引入对接体的应力。

2.分子对接中常用的能量评分函数，如Gscore、______、dGScore等，主要关注预测结合自由能。

3.在使用遗传算法进行对接时，需要设定合适的______、交叉概率和变异概率等参数。

4.构建对接用的靶点蛋白质结构时，通常需要去除______，并添加缺失的氢原子和优化Gasteiger电荷。

5.评价对接结果的优劣，除了看结合分数，还需结合______和结合模式进行分析。

6.分子对接的输入文件通常包含______（受体）和______（配体）的信息。

7.溶剂化效应在分子对接的能量计算中通常通过设置______或使用隐式溶剂模型来近似考虑。

8.评价对接后复合物中原子间距离时，常使用______指标来衡量几何契合度。

9.对于具有多个结合位点的靶点，分子对接可以分别进行______，寻找最佳结合模式。

10.分子对接技术是药物发现流程中______（如虚拟筛选、先导化合物优化）的重要工具。

三、简答题（每题5分，共20分。请简要回答下列问题。）

1.简述分子对接技术的典型流程。

2.简述范德华力和静电相互作用在分子对接中是如何计算的（概念性描述即可）。

3.简要比较遗传算法和模拟退火算法在分子对接搜索过程中的主要特点。

4.分子对接技术的结果通常有哪些评价指标？请列举至少三种。

四、计算/分析题（每题10分，共20分。请根据要求回答下列问题。）

1.假设你正在进行一个药物筛选项目，使用Glide软件对一个配体库进行虚拟筛选，以寻找激酶靶点的抑制剂。筛选过程中，你得到两个候选化合物A和B，其结合分数（Score）分别为-8.5kcal/mol和-5.2kcal/mol。请分析这两个分数，并说明哪个化合物可能是更好的潜在抑制剂，为什么？（不考虑其他信息，仅基于结合分数进行分析）。

2.某个对接模拟生成了一个蛋白质-配体复