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基因数据解读师考试试卷
一、单项选择题(共10题,每题1分,共10分)
以下哪种测序技术属于短读长测序?
A.IlluminaNovaSeq
B.PacBioSequel
C.OxfordNanoporeMinION
D.454焦磷酸测序
答案:A
解析:Illumina平台基于边合成边测序技术,读长通常为50-300bp,属于短读长测序;PacBio(单分子实时测序)和OxfordNanopore(纳米孔测序)为长读长技术(10kb-2Mb);454技术已逐渐被淘汰,读长约400-700bp,略长于Illumina但非主流短读长。
以下哪种变异类型属于SNV(单核苷酸变异)?
A.3bp的插入
B.C→T的替换
C.100kb的缺失
D.染色体倒位
答案:B
解析:SNV定义为单碱基的替换;插入/缺失(Indel)为1-50bp的碱基增减;100kb缺失属于结构变异(SV);染色体倒位为大段染色体重排,属于SV。
以下哪个数据库主要用于人类基因功能注释?
A.dbSNP
B.gnomAD
C.OMIM
D.ClinVar
答案:C
解析:OMIM(在线人类孟德尔遗传数据库)聚焦基因-疾病关联及基因功能;dbSNP存储已知单核苷酸多态性;gnomAD提供人群变异频率数据;ClinVar收录变异的临床意义分类。
基因测序数据质量控制中,Q30指的是?
A.测序错误率≤0.1%的碱基比例
B.测序深度≥30×的区域比例
C.GC含量偏差≤30%的区域
D.比对到参考基因组的reads比例
答案:A
解析:Q30表示碱基质量值≥30的比例,对应错误率≤0.1%(质量值Q=-10log??(错误率));测序深度是覆盖次数,GC含量偏差是序列GC比例异常程度,比对率是比对成功的reads占比。
生信分析流程中,“variantcalling”的主要目的是?
A.去除低质量reads
B.比对到参考基因组
C.识别样本与参考基因组的差异
D.注释变异的功能影响
答案:C
解析:variantcalling(变异检测)通过比对后的BAM文件,识别样本中的SNV、Indel等变异;去除低质量reads是质控步骤(trim),比对是mapping,注释是annotation。
以下哪种工具常用于变异的功能注释?
A.GATK
B.BWA
C.ANNOVAR
D.Samtools
答案:C
解析:ANNOVAR(注释变异)是经典注释工具;GATK用于变异检测和质控,BWA用于序列比对,Samtools用于BAM文件操作。
基因数据解读中,“次要等位基因频率(MAF)0.01”通常提示该变异可能是?
A.人群高频多态
B.潜在致病突变
C.测序错误
D.结构变异
答案:B
解析:MAF指人群中变异等位基因的频率,0.01(1%)提示变异在人群中罕见,更可能与孟德尔遗传病相关;高频多态MAF≥1%,测序错误需通过质控排除,结构变异需其他方法检测。
CNV(拷贝数变异)检测的常用数据类型是?
A.全外显子测序(WES)
B.低深度全基因组测序(低覆盖WGS)
C.单细胞RNA测序
D.转录组测序(RNA-seq)
答案:B
解析:低深度WGS(如0.1-5×)通过计算reads覆盖深度差异检测CNV;WES因外显子区域富集,覆盖不均匀,CNV检测准确性较低;RNA-seq和单细胞测序主要分析表达量,不直接用于CNV检测。
外显子测序(WES)的主要局限性是?
A.无法检测内含子变异
B.读长过短
C.无法识别SNV
D.成本过高
答案:A
解析:WES仅捕获编码区(外显子)及部分UTR,无法覆盖内含子、启动子等非编码区;其读长与Illumina平台一致(短读长),但这是技术共性而非WES特有局限;WES可有效识别SNV,成本低于全基因组测序(WGS)。
全基因组关联分析(GWAS)的核心目的是?
A.鉴定疾病相关的罕见变异
B.分析基因表达差异
C.识别与表型关联的常见遗传变异
D.检测染色体数目异常
答案:C
解析:GWAS通过大规模人群样本,分析常见变异(MAF≥5%)与复杂性状/疾病的关联;罕见变异需外显子测序或WGS,基因表达差异用RNA-seq,染色体数目异常用核型分析。
二、多项选择题(共10题,每题2分,共20分)
以下属于ACMG(美国医学遗传学学会)变异致病性分类标准的是?
A.人群频率极低(MAF0.001)
B.功能实验证实变异破坏蛋白功能
C.家系共分离证据(变异与疾病共遗传)
D.数据库中未收录该变异(novel)
答案:ABC
解析:ACMG标准包括人群频率(PM2)、功能证据(PS3/BS3)、家系共分离(PS1)等
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