Gromacs.gro文件分析工具V1.3：原子统计与提取.pdfVIP

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[]grostatV1.3–gro文件分析、统计小工具

2008-12-2218:10

地址

Gromacs.grofileanalysistool,programmedbySobereva,Version1.3,2008.Oct.15

有问题请联系或mbbs站内

此程序是统计并提取Gromacs的.gro文件里指定原子的小工具，输入指定的坐标范

围，要统计的原子类型和原子所属残基名称，就可以计算出总数，并将结果自动存

到程序所在目录下的result.gro中，可以直接用VMD打开。所选原子的原子序号都

输出到list.ndx，group名称为[selected-atoms]，可以在Gromacs一些子程序中用-n

。

坐标范围可以是通过输入最小和最大限定的一个长方形盒子，也可以输入

球形的和半径，得到一个球形范围。也可以输入圆柱的半径，X、Y坐标，柱

的最下端和最上端Z轴坐标，得到一个平行于Z轴的圆柱选择范围。

1.1增加了保留完整残基功能，所有被选区域内的原子，都会保留它所在的残基的

全部原子。选择此项后，所有符合条件的残基的序号都会输出到residue.txt

比如选择一个范围，有的残基一半在选择区域内，一半在选择区域外，就会导致残

基被截成两半。选择保留完整残基后，处于边界的残基都会保留完整形态，即便有

些原子处于选择区域之外。

再比如，选择一个区域，所选原子类型设CA，所在残基设为ALA，就会得到这个

区域内所有ALA的全部原子，而不是仅仅得到ALA的CA。

1.2版加入了反转选择范围的功能，也就是选择空间范围时的第3、4项选项，这

样实际所选的空间范围，就是输入的空间范围以外的范围。

例1：对程序所在目录下的new.gro提取

xmin,xmax,ymin,ymax,zmin,zmax=1,4,2,3,1.5,6范围内的所有ALA残基的CA类型原

子。

new.gro//输入文件名

1//选择范围设置为盒子形状

1,4,2,3,1.5,6//输入xmin,xmax,ymin,ymax,zmin,zmax

no//不保留完整残基，即不保留CA所在残基中的其它原子，只要CA

CA//原子类型，也可以是any，包括所有原子类型

ALA//残基类型，也可以是any，包括所有残基类型

例2：对程序下一级目录sob下的test.gro，提取z坐标值在10,44范围之外的所有

原子，处于边界的分子的原子全部保留，依次输入

..gro

3

-99,99,-99,99,10,44//-99及99的意思是，最小和最大值都设得很大，超过体系盒

子尺寸，就等于对x、y没设限制yes//保留完整残基

any

any

在gmx中，给膜蛋白加水总是会加到两层之间的疏水空隙中，使用例2的方法可

以去除这部分水。如图，先在VMD里量一下坐标，确定保留z=10以内，z=44以

外的全部原子，即包含了这个范围内的全部水的原子和磷脂分子的部分原子，由于

选择

了保留完整残基，所有磷脂分子也会完整保留，而在z=10至z=44范围内的水就被

去掉了。

可以将grostat输出的.gro改一下名，再次读入grostat进行处理，反复多次，直到

弄出合适的结果。

例3：已知某原子的坐标是5.3624.0072.863，提取这个原子附近1A范围内的SOL

残基的原子，若有水分子一部分在范围内另一部分在范围外，只保留范围内的水的

原子。依次输入

new.gro

2//选择范围设置为球形

5.362,4.007,2.863,1//球x，球y，球z，半径

no

any

SOL

注意：grostat最大只能处理100000个原子的gro文件，如果原子数超过这个数值，

gro中的原子序号会从0重新开始，造成grostat误判。对这种情况应手动在原