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基于cDNA-SRAP技术解析玉米耐低磷基因的差异表达特征与调控机制

一、引言

1.1研究背景与意义

玉米（ZeamaysL.）作为全球重要的粮食、饲料及工业原料作物，在农业生产与国民经济中占据关键地位。据统计，近年来我国玉米种植面积在谷物中的占比稳定在40%以上，2023年种植面积达66328.35万亩，产量更是达到28884.2万吨，连续多年保持高位。玉米不仅为人类提供丰富的碳水化合物等营养，更是现代食品、医药、化学工业不可或缺的原料，在养殖业中，玉米作为优质饲料原料，其稳定供应直接关系到肉类、蛋类等畜产品的产量与价格。

然而，土壤低磷问题严重制约玉米的生长发育与产量提升。全球约有30%-40%的耕地存在有效磷缺乏问题，我国酸性和石灰性土壤广泛分布，土壤中磷易被铁、铝、钙等固定，导致可被玉米吸收利用的有效磷含量极低。在西南等玉米主产区，约一半耕地面临严重缺磷。低磷胁迫下，玉米幼苗期生长迟缓，茎秆细弱，叶片数量减少且变小，叶片颜色从正常暗绿色转变为紫红色，叶尖和叶缘颜色更深，严重时叶片边缘卷曲；中后期根系发育不良，根量少且短，影响水分和养分吸收；生殖生长阶段，玉米抽雄吐丝延迟，花丝抽出速度慢，授粉受影响，果穗卷缩，穗行不齐，籽粒不饱满，甚至出现秃顶现象，成熟期也会推迟，严重时可导致减产30%-50%。

挖掘玉米耐低磷基因并解析其调控机制，对于培育耐低磷玉米新品种、提高玉米在低磷土壤中的产量、减少磷肥施用对环境的污染具有重要意义。通过遗传改良手段提高玉米自身的耐低磷能力，是实现玉米可持续高产、保障粮食安全的重要途径。

1.2cDNA-SRAP技术概述

cDNA-SRAP（cDNA-Sequence-relatedAmplifiedPolymorphism）技术是一种基于PCR的新型分子标记技术，由Li和Quiros于2001年提出。其基本原理是利用一对引物对开放阅读框架（ORFs）进行扩增。正向引物有17个碱基，5’端的前10个碱基是填充序列，接着是CCGG特异序列，这14个碱基组成核心序列，随后为3’端的选择性碱基，主要对外显子进行扩增；反向引物有18个碱基，5’端的前11个碱基是填充序列，接着是AATT特异序列，这15个碱基组成核心序列，随后为3’端的选择性碱基，主要对内含子区域和启动子区域进行扩增。由于内含子、启动子和间隔序列在不同物种甚至不同个体间变异较大，因此与正向引物搭配可扩增出基于内含子和外显子的多态性标记。

cDNA-SRAP技术具有诸多优点。首先，操作简便，无需复杂的仪器设备和昂贵的试剂，对实验条件要求相对较低；其次，多态性丰富，能够检测到基因组中大量的遗传变异；再者，重复性好，扩增结果稳定可靠；此外，该技术可直接扩增cDNA，能够反映基因的表达情况，在基因表达分析、遗传图谱构建、遗传多样性分析等方面具有独特优势。在玉米基因表达研究中，cDNA-SRAP技术能够高效筛选出在不同组织、不同生长发育阶段或不同胁迫条件下差异表达的基因，为深入解析玉米基因功能和调控网络提供有力工具。

1.3国内外研究现状

在利用cDNA-SRAP技术分析玉米基因方面，国内外学者已开展了大量研究。在遗传多样性分析上，Ruiz等利用SSR和SRAP两种方法对来自不同地方三个番茄品种进行了遗传多样性及亲缘关系的研究，结果表明SRAP标记取得的结果分辨率更高。国内也有学者运用cDNA-SRAP技术对玉米自交系进行遗传多样性分析，发现该技术能够有效区分不同的玉米自交系，揭示其遗传差异和亲缘关系。在基因定位与克隆领域，部分研究通过cDNA-SRAP技术结合其他分子生物学手段，成功定位和克隆了一些与玉米重要农艺性状相关的基因，为玉米分子育种提供了重要的基因资源。

针对玉米耐低磷基因的研究，近年来也取得了显著进展。四川农业大学高世斌团队利用GWAS群体和RIL群体低磷胁迫下的多年多点田间试验表型数据和苗期表型数据进行了耐低磷材料的筛选以及低磷相关基因的挖掘，为后续磷信号通路的解析以及磷高效品种的选育奠定了重要基础。玉米研究所青年教师吴锋锴博士揭示了玉米转录因子ZmARF1主要通过正向调控根系marker基因ZmLBD1的表达，促进玉米侧根的生长发育来增强对低磷胁迫的耐受性，拓展了玉米生长素响应基因（ARF）应答非生物胁迫和调控根系生长发育的分子机制。

然而，当前研究仍存在一些不足。一方面，虽然已挖掘出部分耐低磷相关基因，但对其具体的调控网络和分子机制尚未完全明晰，基因之间的互作关系以及它们如何协同调控玉米耐低磷过程有待深入探究。另一方面，现有的研究多集