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解析玉米miR169及其靶基因NF-YA转录因子的协同功能与调控机制

一、绪论

1.1研究背景

1.1.1sRNA的种类和形成

小分子RNA（sRNA）是一类长度通常在20-30个核苷酸之间的非编码RNA，在生物体内发挥着至关重要的调控作用。根据其生物合成途径和作用机制的差异，sRNA主要可分为微小RNA（miRNA）、小干扰RNA（siRNA）和Piwi相互作用RNA（piRNA）等几类。

miRNA是一类由内源基因编码的长度约为21-24个核苷酸的非编码单链RNA分子。其形成过程较为复杂，首先在细胞核中，由RNA聚合酶Ⅱ转录生成具有帽子结构和多聚腺苷酸尾巴的初级转录本（pri-miRNA），pri-miRNA长度可达数百至数千个核苷酸。随后，pri-miRNA在Drosha酶及其辅助因子DGCR8的作用下，被切割成长度约为70-100个核苷酸的发夹结构前体（pre-miRNA）。pre-miRNA通过Exportin-5转运蛋白从细胞核转运至细胞质中，在细胞质中，Dicer酶进一步将pre-miRNA切割成双链RNA，其中一条链会被降解，另一条链则成为成熟的miRNA。成熟的miRNA会与AGO蛋白结合，形成RNA诱导沉默复合体（RISC），进而发挥对靶基因的调控作用。

siRNA主要来源于外源核酸，如病毒感染、转基因等。当外源双链RNA（dsRNA）进入细胞后，会被Dicer酶切割成21-23个核苷酸的双链siRNA。双链siRNA同样会与AGO蛋白结合形成RISC，然后在RISC中，其中一条链被降解，另一条链引导RISC识别并切割与siRNA互补的靶mRNA，从而实现对靶基因的沉默。

piRNA主要存在于生殖细胞中，长度约为24-31个核苷酸。piRNA的形成机制与miRNA和siRNA有所不同，它不依赖于Dicer酶，而是通过一种被称为“乒乓模型”的机制产生。在生殖细胞中，piRNA前体转录本经过一系列复杂的加工过程，包括核酸内切酶切割、3端修饰等，最终形成成熟的piRNA。piRNA主要通过与Piwi蛋白结合，参与维持生殖细胞基因组的稳定性，抑制转座子的活性等。

1.1.2miRNA在植物中的调控机制

在植物中，miRNA主要通过对靶基因mRNA进行切割或抑制翻译的方式，在转录后水平调控靶基因的表达。miRNA与靶基因mRNA的识别具有高度的互补性，通常要求miRNA的“种子序列”（一般指miRNA的第2-8位核苷酸）与靶mRNA的互补区域完全匹配。当miRNA与靶mRNA互补配对结合后，会引导RISC对靶mRNA进行切割，从而导致靶mRNA的降解。例如，在拟南芥中，miR165/166能够通过精确识别并结合靶基因HD-ZIPⅢ家族mRNA的互补区域，引导RISC对其进行切割，进而调控植物的叶片极性、维管束发育等重要生长发育过程。

除了切割靶mRNA外，miRNA还可以通过抑制翻译过程来调控靶基因表达。在植物中，虽然这种作用方式相对较少，但在一些情况下也发挥着关键作用。例如，在烟草中，miR172通过与靶基因AP2的mRNA结合，抑制其翻译过程，从而调控植物的开花时间和花器官发育。

1.1.3植物miRNA响应非生物胁迫

植物在生长发育过程中，经常会受到各种非生物胁迫的影响，如干旱、高盐、低温、高温等。为了适应这些不利环境，植物进化出了一系列复杂的调控机制，其中miRNA在植物响应非生物胁迫过程中发挥着重要作用。

在干旱胁迫下，许多植物的miRNA表达谱会发生显著变化。例如，在拟南芥中，干旱胁迫会诱导miR169的表达上调，miR169通过靶向调控转录因子NF-YA家族成员，抑制其表达，从而影响植物的抗旱性。研究表明，过表达miR169的拟南芥植株对干旱胁迫更为敏感，而抑制miR169表达则增强了植株的抗旱能力。此外，miR393在干旱胁迫下表达上调，其靶基因TIR1、AFB2和AFB3参与生长素信号转导途径，miR393通过抑制这些靶基因的表达，改变生长素信号转导，从而提高植物对干旱胁迫的耐受性。

高盐胁迫同样会引发植物miRNA表达的改变。在水稻中，盐胁迫诱导miR169的表达下调，使得其靶基因NF-YA5表达上调，从而增强水稻对盐胁迫的耐受性。另外，miR160在盐胁迫下表达上调，通过调控其靶