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研究报告

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不同时期分离的鼠伤寒沙门氏菌全基因组学分析研究

一、研究背景

1.鼠伤寒沙门氏菌的概述

(1)鼠伤寒沙门氏菌（Salmonellatyphimurium），隶属于肠杆菌科沙门氏菌属，是一种常见的食源性病原菌。该菌具有高度的致病性和流行性，可以引起人类和动物的食物中毒。鼠伤寒沙门氏菌的感染症状包括发热、腹泻、呕吐、头痛、肌肉疼痛等，严重时可导致败血症和死亡。根据世界卫生组织（WHO）的数据，全球每年约有1900万人感染沙门氏菌，其中约200万人因感染而死亡。在发达国家，食源性疾病中约有一半是由沙门氏菌引起的。

(2)鼠伤寒沙门氏菌的宿主范围广泛，包括家禽、家畜、野生动物以及人类。该菌主要通过食物传播，如未煮熟的肉类、蛋类、奶制品等。近年来，随着全球化和国际贸易的不断发展，鼠伤寒沙门氏菌的传播途径和范围也日益扩大。例如，2011年美国发生的一起大规模沙门氏菌疫情，导致约1200人感染，主要是由受污染的番茄引起的。此外，鼠伤寒沙门氏菌还可以通过水源、土壤等途径传播，造成大规模的公共卫生事件。

(3)鼠伤寒沙门氏菌的全基因组学分析对于揭示其致病机制、流行病学特点以及进化过程具有重要意义。研究表明，鼠伤寒沙门氏菌的基因组结构复杂，含有大量与致病性相关的基因。例如，沙门氏菌毒力岛（SPI-1）和SPI-2等基因组岛携带了许多与细胞入侵、毒素产生和免疫逃避等致病过程相关的基因。通过对鼠伤寒沙门氏菌全基因组进行深入分析，研究人员可以发现新的致病基因和耐药基因，为疫苗研发和疾病防控提供重要依据。例如，2017年的一项研究通过对鼠伤寒沙门氏菌的基因组进行测序和分析，发现了新的毒力基因和耐药基因，为制定针对性的防控策略提供了重要信息。

2.鼠伤寒沙门氏菌的流行病学特点

(1)鼠伤寒沙门氏菌的流行病学特点表现为季节性波动明显，尤其在夏季和秋季更为常见。全球范围内，沙门氏菌感染病例每年都有发生，其中发达国家和发展中国家均存在。根据美国疾病控制与预防中心（CDC）的数据，美国每年约有48万例沙门氏菌感染病例，其中约1.2万例需要住院治疗。在欧盟，沙门氏菌感染病例也占到了所有食源性病原菌感染病例的60%以上。例如，2016年德国发生的一起由鸡蛋引起的沙门氏菌疫情，导致约2500人感染，其中约200人住院。

(2)鼠伤寒沙门氏菌的感染源主要包括家禽、家畜、野生动物和人类。在动物源中，鸡、鸭、猪、牛和羊等是主要的携带者。人类感染沙门氏菌的主要途径是通过食用受污染的肉类、蛋类、奶制品和蔬菜等。研究表明，约50%的沙门氏菌感染病例与家禽有关。例如，2015年英国发生的一起由家禽引起的沙门氏菌疫情，导致约700人感染，主要是由受污染的鸡肉引起的。

(3)鼠伤寒沙门氏菌的感染人群广泛，但婴幼儿、老年人和免疫力低下者更容易受到感染。在婴幼儿中，沙门氏菌感染可能导致败血症和脑膜炎等严重并发症。在全球范围内，约5%的儿童沙门氏菌感染病例会导致死亡。此外，沙门氏菌感染也与旅行有关，旅行者由于饮食习惯的改变和环境卫生条件的改变，更容易感染沙门氏菌。例如，2018年美国发生的一起由旅行者引起的沙门氏菌疫情，导致约300人感染，主要是在国外旅行期间食用了受污染的食物。

3.鼠伤寒沙门氏菌全基因组学分析的意义

(1)鼠伤寒沙门氏菌全基因组学分析为病原菌的进化研究和致病机制提供了重要工具。通过全基因组测序，研究人员可以揭示病原菌的基因变异、基因家族的演化以及耐药性基因的传播。例如，2017年的一项研究通过对鼠伤寒沙门氏菌全基因组进行分析，发现了多个耐药基因，有助于理解耐药性的传播和防控策略的制定。

(2)全基因组学分析有助于监测病原菌的流行趋势和传播途径。通过对不同地区、不同时间点的鼠伤寒沙门氏菌样本进行测序，可以构建系统发育树，分析病原菌的传播历史和地理分布。例如，2016年一项研究通过全基因组分析，确定了鼠伤寒沙门氏菌在非洲的传播路径，为防控策略的优化提供了科学依据。

(3)全基因组学分析为疫苗研发和疾病预防提供了新的思路。通过对鼠伤寒沙门氏菌的全基因组进行比较，可以发现关键的毒力基因和免疫逃逸基因，为新型疫苗的设计提供靶点。例如，2019年一项研究利用全基因组学分析，成功筛选出多个与鼠伤寒沙门氏菌致病性相关的基因，为疫苗研发提供了新的方向。

二、研究方法

1.样本采集与处理

(1)样本采集是鼠伤寒沙门氏菌全基因组学分析的第一步，其质量直接影响后续的实验结果。在采集过程中，需要遵循严格的生物安全规范，确保样本的无污染。通常，样本采集包括食物、环境、动物和人类粪便等。例如，在食品检测中，采样点可能包括超市、食堂、肉类加工厂等。根据美国食品安全检验局（FSIS）的数据，2019年共采集了约3万份食品样本进行沙门