生信技能树培训班课件.pptVIP

生物信息学生信技能树培训班

课程导览与学习目标全流程掌握理解生信分析全流程与关键技术，建立系统性思维框架基础工具掌握Linux、R、Python等基础工具，打牢技术根基主流软件熟悉主流生信软件与数据分析方法，应对多样化需求实战能力结合真实案例提升实战能力，快速转化为科研产出通过30节系统课程，您将建立完整的生信知识体系，从零基础到能够独立完成复杂项目分析。课程采用循序渐进的方式，每个章节都配备实际操作练习，确保学以致用。

第一章生物信息学基础知识核心概念回顾生物信息学是应用计算技术解析生物大数据的交叉学科。理解生物大分子与中心法则是进入这一领域的基础。基因组学：研究生物体的完整DNA序列及其功能转录组学：分析RNA表达模式，揭示基因调控网络蛋白质组学：探索蛋白质表达、修饰与相互作用生信数据类型测序数据（FASTQ）、基因表达矩阵、变异信息（VCF）、蛋白质结构数据等各具特点，需要针对性的分析策略。

Linux基础与命令行操作Linux是生信分析的必备技能，命令行操作能够高效处理大规模数据。掌握以下核心命令是开启生信之旅的第一步。1文件与目录管理ls-lh#列出文件详细信息cd/path#切换目录mkdirdata#创建目录rmfile.txt#删除文件这些基础命令构成了Linux操作的基石，熟练使用可大幅提升工作效率。2文本处理工具greppatternfile.txt#搜索匹配行awk{print$1}data.tsv#提取列seds/old/new/gfile.txt#替换文本grep、awk、sed被称为文本处理三剑客，是生信数据预处理的核心工具。3进程与权限管理psaux|grepprocess#查看进程top#实时监控chmod755script.sh#修改权限chownuser:groupfile#更改所有者合理的进程和权限管理确保分析任务稳定运行，避免资源冲突。

R语言基础与统计分析为什么选择R？R是生信领域最流行的统计分析语言，拥有丰富的生物信息学专用包（Bioconductor），能够完成从数据处理到高级统计分析的全部任务。01环境搭建与包管理安装R和RStudio，使用install.packages()和BiocManager安装所需的包，建立稳定的分析环境。02数据导入导出掌握read.table()、read.csv()等函数读取数据，使用write.table()输出结果，理解数据框（data.frame）的基本操作。03常用统计检验t检验比较两组均值差异，卡方检验分析分类变量关联，超几何检验用于富集分析，这些是生信统计的基础方法。

Python基础与数据处理Python凭借简洁的语法和强大的数据处理能力，成为生信分析的另一重要工具。JupyterNotebook提供了交互式编程环境，特别适合数据探索和结果展示。环境搭建安装Anaconda或Miniconda，创建虚拟环境，使用pip或conda管理包依赖。文件操作使用open()读写文件，掌握列表、字典、集合等数据结构的灵活运用。Pandas处理DataFrame是Python数据分析的核心，支持高效的数据清洗、转换与聚合操作。实用技巧：结合JupyterNotebook的可视化功能，可以即时查看数据处理结果，大大提升分析效率和代码调试体验。

第二章高通量测序数据分析流程高通量测序（NGS）技术革新了生物学研究，能够在短时间内产生海量基因组数据。理解NGS数据特点和质量控制是进行下游分析的前提。1原始数据质控使用FastQC评估测序质量，检查碱基质量分布、GC含量、接头污染等指标。2数据过滤Trimmomatic去除低质量碱基和接头序列，提高后续比对准确率。3序列比对Bowtie2适合短读长比对，BWA在全基因组测序中表现优异，选择合适工具至关重要。

RNA-seq差异表达分析分析流程概览RNA-seq是研究基因表达的金标准方法，通过比较不同条件下的转录本丰度，揭示基因调控机制。构建计数矩阵使用HTSeq或featureCounts统计每个基因的读段数归一化处理消除测序深度和基因长度的影响差异分析DESeq2或edgeR识别显著差异表达基因功能富集GO和KEGG注释揭示生物学意义关键参数：差异倍数（FoldChange）通常设为2倍，校正后P值（FDR）小于0.05被认为显著。合理的阈值设置能够平衡敏感性和特异性。

ChIP-seq数据分析基础染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）用于全基因组范围内研究蛋白质-DNA相互作用，是表观遗传学研究的重要技术。峰值识别MACS2是最常用的峰识