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《病原微生物基因组参考数据库通用要求》标准立项与发展研究报告

EnglishTitle:DevelopmentReportontheStandardizationProject:GeneralRequirementsforPathogenMicrobialGenomicReferenceDatabases

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摘要

随着高通量测序技术的飞速发展，病原宏基因组测序（metagenomicNext-GenerationSequencing,mNGS）技术凭借其无预设、广覆盖、高分辨率的优势，已成为临床疑难、危重及新发突发感染病原体诊断的关键技术。然而，该技术的临床转化与应用深度，高度依赖于其下游生物信息学分析的核心组件——基因组参考数据库的质量与规范性。当前，行业内缺乏统一的参考数据库构建标准，导致不同机构自建数据库在数据来源、质量控制、更新维护等方面存在显著差异，进而影响了mNGS检测结果的准确性、一致性与可比性，制约了该技术的规范化应用与产业发展。

为应对这一挑战，本标准《病原微生物基因组参考数据库通用要求》应运而生。本报告详细阐述了该标准立项的背景、目的与深远意义，明确了其适用范围涵盖基于各类主流高通量测序技术（如单分子纳米孔测序、可逆末端终止测序等）的病原检测应用。标准的核心技术内容聚焦于对参考数据库构建全流程的规范化要求，包括数据来源的权威性与溯源性、数据质量控制的具体指标与流程、数据库准确性的验证与判断方法，以及数据库的适用条件与版本管理等。

本标准的制定与实施，旨在为从事mNGS产品研发、临床检测服务及科学研究的机构提供一套权威、可操作的技术指南。它将有力推动临床微生物基因组参考数据库建设的标准化进程，提升mNGS检测的整体性能与结果可靠性，为医疗监管部门的审评与监管提供科学依据和技术支撑，最终促进精准医疗在感染性疾病领域的深化应用，保障公共卫生安全。

关键词：病原宏基因组测序；基因组参考数据库；标准化；质量控制；生物信息学；临床诊断；微生物组学

Keywords:MetagenomicNext-GenerationSequencing(mNGS);GenomicReferenceDatabase;Standardization;QualityControl;Bioinformatics;ClinicalDiagnosis;Microbiomics

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正文

一、立项背景与目的意义

病原宏基因组高通量测序（mNGS）技术是一种革命性的病原体检测方法。它无需预先设定检测目标，能够对临床样本中全部核酸进行无偏倚测序，从而高效识别细菌、病毒、真菌、寄生虫等多种病原体，特别在诊断罕见感染、新发突发传染病、混合感染及鉴定耐药毒力基因方面展现出不可替代的优势。目前，该技术已从实验室研究迅速走向临床，广泛应用于危重症感染、免疫缺陷患者感染及疑难感染性疾病的辅助诊断与病因溯源。

mNGS技术的核心分析流程依赖于将产生的海量测序序列与已知的病原微生物基因组参考数据库进行比对和分类。因此，检测结果的准确性、敏感性和特异性在极大程度上取决于所用参考数据库的质量。一个高质量的数据响应具备广泛的物种覆盖度、准确的基因组注释、良好的序列质量以及及时的更新机制。

然而，行业现状面临严峻挑战。目前，国际上缺乏一个专为临床mNGS检测设计、可直接使用的“金标准”参考数据库。美国国家生物技术信息中心（NCBI）、欧洲分子生物学实验室（EMBL）等公共数据库虽数据庞大，但包含大量研究性、未经验证或质量参差不齐的序列，直接用于临床检测可能导致假阳性或假阴性结果。因此，各研发机构、第三方检验所及医院实验室不得不自行从公共数据源中筛选、清洗、组装并构建私有参考数据库。由于缺乏统一的构建标准，这些自建数据库在数据来源的选择标准、数据清洗的质控流程、物种分类的注释体系、冗余序列的去除策略以及新发病原的纳入时效等方面存在巨大差异。这种“各自为政”的局面直接导致了不同平台或实验室间的mNGS检测结果可能出现不一致，甚至相互矛盾，严重影响了技术的可比性、可重复性及在临床决策中的可信度。

中华医学会检验医学分会发布的《宏基因组测序病原微生物检测生物信息学分析规范化管理专家共识》已明确指出，临床级数据库应包含微生物、人源及背景序列，并需保证其稳定性和更新及时性。这反映了行业对数据库标准化的迫切需求。

因此，制定《病原微生物基因组参考数据库通用要求》国家/行业标准具有重大的现实意义和战略价值：

1.提供技术指导：为相关单位构建、评价和维护临床级病原微生物基因组参考数据库提供一套科学、系统、可操作的技术规范。

2.统一行业标尺：通过规范数据质量和构建流程，提升不同机构数据库的基础质量，增强m