模块网络：从基因表达数据中识别调控模块及其特定条件下调节因子.pdfVIP

ModuleNetworks

BMI/CS576

MarkCraven

craven@biostat.wisc.edu

December2007

模块网络动机

•变量集通常具有相同的行为

•考虑这个简单的示例

来自Segal等人，UAI,2003。

ModuleNetworksMotivation

•setsofvariaboftenhavethesamebehavior

•considerthissimplestockexample

FigurefromSegaletal.,UAI,2003.

•我们可以将变量分组为模块，使模块的成员共享相同的

CPD

•wecangroupvariabintomodu,havethemembers

ofamodulesharethesameCPD

模块网络

•模块网络由以下内容定义：

–指定的模块数量–每个变量分配到一个模块–

每个模块中变量的共享条件概率分布（CPD）

•因此学习任务包括*

–确定变量分配到模块的方式

–为每个模块推导出一个条件概率分布（CPD）

*假设我们已知模块的数量

ModuleNetworks

•amodulenetworkisdefinedby

–aspecifiednumberofmodu

–anassignmentofeachvariabletoamodule

–asharedCPDforthevariabineachmodule

*

•thelearningtaskthusentails

–determiningtheassignmentofvariabtomodu

–inducingaCPDforeachmodule

*assumingwe’regiventhenumberofmodu

模块网络：从表达中识别调控模块及其特定条件下

的节子

调因n

数。

据ESegal等人，NatureGenetics34(2):166‑176，2000年

.3

•给定：–表达数