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基于GPU加速的分子动力学程序构建与性能优化研究

一、引言

1.1研究背景与意义

分子动力学（MolecularDynamics,MD）模拟是一门结合物理、数学和化学的综合技术，其基于牛顿运动定律，通过计算机仿真迭代模拟大量原子或分子在不同时刻下的运动轨迹和相互作用过程，并抽取样本计算体系的构型积分，进一步获取体系的热力学量和其他宏观性质。自1957年奥尔德（Alder）和温莱特（Wainwright）使用IBM704计算机模拟刚球之间的完美弹性碰撞，开创分子动力学模拟研究物质宏观性质的先例以来，该技术得到了迅猛发展。

在生物科学领域，分子动力学模拟广泛应用于研究结构生物学、