高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识.pdfVIP

高通量宏基因组测序技术检测病原微生物

的临床应用规范化专家共识

一、引言

在临床微生物诊断领域，传统培养法长期作为金标准，但面

对重症感染的快速进展、疑难病例的病因困惑，以及免疫受损患者

的机会性感染，其慢（需2-7天）、漏（仅能检测可培养病原）、

限（无法覆盖病毒/非典型病原体）的短板日益凸显。高通量宏基

因组测序（mNGS）技术的出现，打破了依赖培养的传统路径—

—它直接提取样本中所有生物的核酸（DNA+RNA），通过高通量

测序和生物信息学分析，无偏倚地检测细菌、病毒、真菌、寄生虫

等各类病原，甚至能发现新发病原或罕见病原。

然而，mNGS的临床应用并非一帆风顺：样本采集不规范导

致的核酸降解、生信分析参数差异引发的结果波动、临床解读与实

验室数据的脱节，都可能让这项技术的价值打折扣。为推动

mNGS的标准化、规范化、临床化，我们结合国内外研究证据与临

床实践经验，形成本共识，旨在为临床医生、检验人员提供可操作

的指南。

二、适用范围

mNGS是传统病原检测的补充技术，而非替代方案。以下场景

推荐优先使用：

1.重症感染：如重症肺炎、脓毒症、感染性休克，经传统检测

（培养、PCR、抗原）3天内无阳性结果，且病情进展迅速需紧急

决策；

2.疑难/不明原因感染：发热待查超过1周、常规检测（血培

养、痰培养、影像学）无法明确病因；

3.免疫受损宿主感染：如HIV/AIDS、恶性肿瘤化疗后、器官

移植受者，需排查机会性感染（如卡氏肺孢子虫、巨细胞病毒）；

4.特殊部位感染：中枢神经系统感染（脑膜炎/脑炎）、腹腔

感染（腹膜炎）、骨关节感染，传统采样困难或培养阳性率低；

5.疑似新发病原/罕见病原感染：如新型冠状病毒、布鲁氏菌、

马尔尼菲篮状菌等，常规检测无针对性方法。

不推荐场景：

轻症感染（如普通感冒）、已知病原的常规感染（如社区获

得性肺炎的肺炎链球菌）；

样本质量差（如严重溶血的血液、被唾液污染的痰）；

无临床指征的筛查式检测（如健康人体检）。

三、检测流程规范化

mNGS的检测流程需严格遵循样本-核酸-文库-测序-分析的全

链条质控，每一步都需精准到细节。

（一）样本采集与运输

样本是mNGS的原料，采集质量直接决定结果可靠性。不同

样本的采集要求如下：

样本类型采集要求运输条件

血液EDTA抗凝血2-5ml2-8℃冷藏，4小时内

（避免肝素，会抑制送检

PCR）；采集后轻轻

颠倒混匀，避免溶血

脑脊液3-5ml（第一管用于常温/2-8℃，立即送

生化，第二管用于检

mNGS）；无菌管盛

装，避免污染

痰深咳痰液（避免唾4℃冷藏，2小时内

液）；涂片镜检需满送检

足白细胞25/低倍

镜、上皮细胞10/低

倍镜

肺泡灌洗液____ml（支气管镜下4℃冷藏，4小时内

采集）；无菌容器，送检

避免混入气道分泌物

粪便5-10g（新鲜便后