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外源基因整合的分子生物学鉴定主要有PCR扩增、PCR-Southern杂交、Southern杂交以及Southern原位杂交和FISH等。;1利用PCR扩增检测外源基因整合;斑点杂交可以快速粗略地检测一下植物基因组内是否含有外源基因。;斑点杂交虽可以简便快速地检测植物染色体DNA中是否含有目的基因及大致的量，但不能反映外源基因整合的更多信息。;将被检植株的基因组DNA提取出来，用限制性内切酶酶切，生成的酶切片段中，必有外源基因片段或含外源基因序列的片段，用琼脂糖凝胶电泳分离，各片段按分子大小依次分开，排布在凝胶上。;经烘干或紫外线照射处理，使印迹的各片段与固相膜牢固结合。;漂洗除去非特异性的结合及未结合的游离的探针。;实验前要准备好阳性对照、阴性对照、分子量标准DNA样品及待检转化植株总DNA样品。;3）Southern印迹杂交的实验程序;各程序中有关问题阐述如下：;②酶切反应体系;③酶切效果检验;④凝胶中的DNA变性;⑤印迹;印迹方法;⑥预杂交;常用的封闭剂有两类，一类是变性的非特异性DNA，如鲑鱼精子DNA、小牛胸腺DNA等。另一类是高分子化合物，如聚蔗糖400(菲可尔)、聚乙烯吡咯烷酮(PVP)、小牛血清白蛋白(BSA)，这三种试剂按一定比例配比，就构成Denhardt’s封闭试剂。此外，脱脂奶粉也可