edgeR包：数字基因表达数据分析工具.pdfVIP

edgeR包介绍

，DavisMcCarthy，AaronLun，周

晓蓓，MarkRobinson，GordonK.Smyth

修订于

edgeR是一个用于数字表达数据分析的包，特别是来自技术的计

数数据。它特别适用于RNA‑Seq或SAGE数据的差异表达分析，或ChIP‑Seq数据的

差异标记分析。

edgeR实现了基于负二项分布作为计数变异模型的新统计方法，包括经验贝叶斯

方、精确检验和广义线性模型。该包特别适合分析具有多个实验因素但可能重复次

法

数少的设计实验。它具有在小样本中建模转录本特异性变异的独特能力，这对于优

较

先虑在重复中具有一致效应的或转录本至关重要。

考

完整的edgeR用户指南可作为文档的一部分获得。要用户指南，请安

装edgeR包并使用将其加载到R会话中。在Windows的R中，

用户指南将从名为“V