转录本拼接与可变剪接分析流程及工具介绍.pptxVIP

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为什么转录本可以拼接起来？易生信，毕生缘；培训。2

有参组装和无参组装易生信，毕生缘；培训。3

可变剪接分析有参转录组分析流程–可变剪接易生信，毕生缘；培训。4Sequencing RNA-seq reads(2x150bp)Readalignment STAR/HISAT2 (genome) Geneidentification StringTieDifferentialexpression DESeq2 ImageGPVisualization Geneannotation (.gtffile)Rawsequence data (.fastqfiles)Reference genome (.fafile) Inputs rMATSAlternative splicingEnrichment analysis GO/GSEA WGCNACytoscape Network analysis

StringTie?StringTieisafastandhighlyefficientassemblerofRNA-Seqalignmentsintopotentialtranscripts.Itusesanovelnetworkflowalgor