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基于层次化图神经网络的分子性质预测结题报告

一、研究背景与问题提出

在药物研发、材料科学等领域，分子性质预测是一项核心任务，其结果直接影响化合物筛选、药物设计及新材料开发的效率与成功率。传统的分子性质预测方法主要依赖量子化学计算和高通量实验，然而这些方法存在明显局限性：量子化学计算精度高但计算成本随分子规模呈指数级增长，难以处理复杂大分子体系；高通量实验虽能提供真实数据，但实验周期长、资源消耗大，且受实验条件限制无法覆盖所有潜在分子结构。

随着人工智能技术的发展，机器学习模型在分子性质预测领域展现出巨大潜力。早期的机器学习方法如支持向量机（SVM）、随机森林（RF）等，通常将分子结构编码为一维指纹向量，这种编码方式忽略了分子的三维空间结构和原子间的复杂相互作用，导致模型对分子性质的表征能力不足。近年来，图神经网络（GNN）的兴起为分子结构建模提供了新的思路，它将分子视为由原子（节点）和化学键（边）构成的图结构，通过消息传递机制学习原子和分子的特征表示。然而，现有的GNN模型大多在单一层次上处理分子结构，难以捕捉从原子、官能团到整个分子的多尺度层次化信息，而这些层次化信息对于准确预测分子性质至关重要。

基于此，本研究提出了一种层次化图神经网络（HierarchicalGraphNeuralNetwork,HGNN）模型，旨在通过构建多尺度层次化的分子表征，提升分子性质预测的准