Inparanoid软件包使用指南与直系同源分析.pdfVIP

如何使用inparanoid软件包

MarcCarlson

简介

inparanoid软件包基于inparanoid算法确定的间直系同源关系分组。该

算法的细节可在inparanoid查阅：

(‑bin/index.cgi)。其FAQ对

inparanoid方法有精要描述：InParanoid程序利用NCBI‑Blast计算的两个

完整蛋白质组间的成对相似性分数来构建直系同源组。每个直系同源组最初由

两个被称为直系同源的蛋白质构成，它们通过双向最佳匹配法在两组蛋白

质间确定。若两个蛋白质组中存在某些序列，它们与对应直系同源的亲缘

关系比与其他任何序列都更紧密，则这些序列会被纳入该组。这类直系同源组

成员称为旁系同源物（inparalogs）。每个旁系同源物都会附置信值，用以表

征其与直系同源的亲缘程度。

目前，Inparanoid算法已应用于35个物种。我们为其中五个物种了

数据包，并在这些支持物种的数据包中，了该物种与所有35个

Inpa