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基于图神经网络的药物清除预测结题报告

一、研究背景与问题提出

药物代谢动力学（Pharmacokinetics,PK）是定量研究药物在生物体内吸收、分布、代谢和排泄（ADME）过程的学科，其中药物清除（DrugClearance）是决定药物体内暴露量和药效持续时间的核心参数。准确预测药物清除率不仅能优化给药方案、提高治疗效果，还能在药物研发早期淘汰代谢性质不佳的候选化合物，降低研发成本与失败风险。

传统的药物清除预测方法主要依赖实验测定和基于理化性质的统计模型。实验测定虽然结果准确，但存在周期长、成本高、伦理限制等问题，难以满足大规模化合物筛选的需求。统计模型如线性回归、支持向量机等，多基于分子的二维描述符（如分子量、脂水分配系数等），无法有效捕捉分子的三维结构信息和生物系统的复杂相互作用，导致预测精度有限，尤其对于结构新颖的化合物表现不佳。

随着人工智能技术的发展，机器学习和深度学习方法在药物研发领域的应用逐渐深入。图神经网络（GraphNeuralNetworks,GNNs）作为一种专门处理图结构数据的深度学习框架，能够直接以分子图（原子为节点，化学键为边）作为输入，通过消息传递机制学习分子的局部和全局结构特征，为药物清除预测提供了新的解决方案。本研究旨在构建基于图神经网络的药物清除预测模型，突破传统方法的局限性，实现更准确、高效的药物清除率预测。

二、数据集构建与预